Хосеба начинал свою карьеру в другом баскском клубе — «Реал Сосьедад», после чего перешёл в «Атлетик» более чем за 3 000 000? в пересчёте на современные деньги. На тот момент это был самый дорогой трансфер игрока, не достигшего 18-ти лет, в испанском и баскском футболе.
В 1995 году стал лучшим бомбардиром молодёжного чемпионата мира, затем был взят в главную сборную страны, в составе которой играл на чемпионате мира 1998 года, а также на Евро 2000 и Евро 2004.
1 октября 2008 года Эчеберриа подписал новый контракт с «Атлетиком», согласно которому будет выступать за него в сезоне 2009—2010 бесплатно.
15 мая 2010 года Хосеба Эчеберриа сыграл в своем последнем матче за родной «Атлетик» против «Депортиво», в этом матче он отличился голевой передачей, а позже на 77 минуте был заменен на Токеро.
Баски попрощались с легендой клуба Хосебой Эчеберрией - в прощальном матче ветерана Атлетику противостояли дети в количестве 200 человек.