Сын купца, родился в Остзейском крае. По окончании Рижской гимназии поступил в 1812 году на медицинский факультет Дерптского университета. По окончании курса в университете работал в Берлине и Вюрцбурге. В 1821 году был избран академиком Императорской Санкт-Петербургской Академии Наук, путешествовал в центральной Азии, но в 1827 году оставил это звание и поступил чиновником особых поручений по ученой части при горном департаменте и оставался в этой должности до своей смерти в 1865 году. Служебные обязанности Пандера заключались в обработке поступивших в департамент палеонтологических коллекций, которые вместе с коллекциями, собранными лично, доставили ему материал для весьма ценных до настоящего времени палеонтологических монографий, среди которых особенно выдаются его исследования остатков палеозойских рыб. Работы Пандера и его современника Эйхвальда положили начало палеонтологическому изучению России, почему оба названных ученых справедливо считаются отцами русской палеонтологии.
Пандер прославился в особенности своими исследованиями над эмбриональным развитием цыпленка, которыми значительно пополнил теории, установленные Бэром («Beitrage zur Entwicklungsgeschichte des Huhnchens im Ei», Вюрцбург, 1817). Кроме этого Пандер написал ещё весьма ценные работы по остеологии, геологии и палеонтологии.