Дебютировал в Примере Аргентины 5 марта 2000 года в гостевом матче «Эстудиантеса» против «Ривер Плейта», закончившемся вничью 2:2. Перешёл в «Боку Хуниорс» в 2005 году и начал выигрывать с командой многочисленные титулы.
В октябре 2006 года Круповьеса получил серьёзную травму, которая помешала ему играть более года — по этой причине Круповьеса не является, в частности, победителем Кубка Либертадорес 2007, который завоевали его партнёры по «Боке».
В начале 2008 года Хуан на правах аренды отправился в марсельский «Олимпик». Вернулся в «Боку» в июле 2008 года и выиграл с ней третий чемпионский титул в Аргентине. В 2010—2011 годах выступал за «Арсенал» из Саранди, в 2011 году перешёл в «Чакариту Хуниорс».