Хуан Хосе Ногес начал свою карьеру в клубе «Торнатес». В 1930 году он перешёл в клуб «Барселона», его дебют в новой команде состоялся 12 апреля, в котором Барса сыграла вничью 1:1 с клубом «Расинг» из Сантандера. Во время своих выступлений за «Барселону», Ногес помог своему клубу 5 раз выиграть чемпионат Каталонии.
Ногес выступал в двух сборных. В сборной Каталонии, игравшей нерегулярно, он провёл 10 матчей, включая игру против сборной Испании, которая готовилась к чемпионату мира 1934, в ней испанцы были сильнее 2:0, но игра Ногес произвела впечатление на руководство сборной Испании, и Ногес был включен в заявку команды. Там он провёл 1 матч, переигровку четвертьфинала Испания — Италия, заменив травмированного Рикардо Самору, который получил травму в первом матче. После окончания мундиаля, Ногес, в составе сборной Каталонии, сыграл две игры против бронзового призёра чемпионата, сборной Бразилии, в первой игре каталонцы победили 2:1, а вторая игра завершилась ничьей 2:2.
После окончания игровой карьеры, Ногес перешёл на тренерскую работу, став главным тренером «Барселоны». В первый же сезон клуб выиграл Кубок Генералисимуса обыграв «Атлетико Мадрид» со счётом 4:3 в дополнительное время, однако в чемпионате команда играла посредственно, лишь в матче с «Мурсией» избежав вылета в Сегунду. В следующем же сезоне «Барса» Ногеса играла лучше, заняла третье место в чемпионате и дошла до полуфинала национального кубка, в котором «сине-гранатовые», выиграв первый матч 3:0 у мадридского «Реала», в ответной игре были «разбиты» 1:11.
После «Барселоны» Ногес тренировал клуб Химнастик из Таррагоны, в течение их игры в высшем испанском дивизионе. А также дошёл до полуфинала Кубка Генералисимуса, в котором проиграл «Эспаньолу». Но главное достижение клуба произошло 11 января 1948 года, когда «Химнастик» победил «Реал» в Мадриде, на Сантьяго Бернабеу, что до сих пор является рекордом, так как только Химнастик побеждал «Реал» впервые играя против «Королевского клуба» на его поле.
Завершил карьеру Ногес в клубах «Эспаньол», «Спортинг» Хихон и «Ллейда», где проработал без особых достижений.