Хуан Ботассо начал свою карьеру в клубе «Архентино де Кильмес», дебютировав в клубе 20 марта 1927 года в матче со «Спортиво Палермо», в котором «Архентино» проиграл 2:4. В 1930 году Ботассо перешёл в «Расинг» из Авельянеды. В его составе вошёл в историю, как первый вратарь, участвовавший в первом матче профессионального чемпионата Аргентины — 4 июня 1931 года. После выступлений за «Расинг», Ботассо вернулся в «Архентино де Кильмес», игравшим во втором аргентинском дивизионе, где выступал до конца своей карьеры в 1946 году.