Хуан Веласко родился в городе Пиура на северном побережье Перу в семье мелкого государственного служащего. Кроме него в семье ещё было 10 детей, впоследствии Веласко описывал своё детство как "достойная бедность".
В 1929 году он поступил на службу в перуанскую армию простым пехотинцем. За отличия в службе и за отличную дисциплину был отобран для отправки в Военное Училище Чорриллос. В 1934 году получил высшее военное образование и продолжил карьеру в армии.
Поскольку президент Белаунде не имел большинства в Конгрессе его власть не была достаточно эффективной, а сам он часто вступал в конфликты с парламентом, что не прибавляло стабильности в обществе.
В августе 1968 года администрация президента Белаунде заявила об урегулировании давнего спора с компанией «Сандарт Ойл оф Нью-Джерси» (сейчас бренд принадлежит ExxonMobil). Но у перуанской общественности вызвал гнев факт выплаты компании компенсации, что вынудило правительство уйти в отставку. Ещё большей причиной гнева стала пропавшая страница договора с компанией, в которой содержалось обещание выплат; страница с подписью Белаунде была найдена и показана по телевидению. Несколько дней спустя Белаунде был отстранён от власти и отправлен в изгнание в результате военного переворота, организованного Хуаном Веласко. Движение против переворота погасло уже через пять дней после занятия армией спорных месторождений нефти с компанией «Сандарт Ойл оф Нью-Джерси».
Руководители переворота во главе с Веласко назвали свою администрацию Революционным правительством вооружённых сил. Правительство Веласко желало повысить благосостояние бедных слоёв населения и отличалось левой направленностью. Практически сразу после переворота были национализированы все предприятия основных отраслей перуанской промышленности, такие как нефтяная, рыболовная, горная, телекоммуникации также были взяты под контроль государства. Для управления национализированной собственностью были организованы ряд монопольных государственных компаний предотвращающих любое частное вмешательство в эти отрасли.
В стране были введены ряд новых государственных праздников, в целом Перу встало на антикапиталистический путь развития.
Правые СМИ были поставлены под контроль и была введена их цензура: ряд радиостанций закрыт, сильное давление оказывалось на печатные издание. В результате многие газетные издательства были изъяты у их владельцев, а самих издателей выслали за границу в изгнание.
Основой политической и экономической политики Веласко сделал программу аграрной реформы, которая была похожа на советскую коллективизацию адаптированную для местных условий. У латифундистов началась конфискация взамен облигаций, все эти действия вызвали недовольство землевладельцев, уверенных в том что в связи с инфляцией государственные облигации не будут ничего стоить
К положительным моментам в правлении Веласко можно отнести меры его правительства по эмансипации коренного населения страны — индейцев кечуа и аймара. В частности, язык кечуа был признан в качестве второго государственного языка Перу (1975), на нём стали вещать один из телевизионных каналов и несколько радиостанций.
Внешняя политика Перу при Веласко была переориентирована с запада на советский блок. Перу стало более активно сотрудничать с Кубой и Советским Союзом, с которым был подписан ряд соглашений, по одному из которых советским судам был разрешён вылов рыбы в исключительной экономической зоне Перу. В страну были приглашены советские советники, о чём было объявлено лично президентом на одной из пресс-конференций в 1973 году, на той же конференции было объявлено о высылке американского Корпуса Мира из Перу. Отношения с США осложнились с самого начала правления Веласко поскольку были расторгнуты контракты и национализирована собственность американских монополий. В дальнейшем произошёл ряд конфликтов связанных с арестом американских рыболовных судов у берегов Перу, отказывавшихся признавать соглашения на вылов рыбы в экономической зоне Перу расторгнутым.
В результате внешнего и внутреннего давления, экономическая ситуация в стране всё больше ухудшалась, правительство было вынуждено пойти на девальвацию национальной валюты, и всё больше занимало средств за рубежом. Особенно сильный спад был в рыболовстве и сельском хозяйстве из-за саботажа реформ. Браконьерский вылов для производства рыбной муки, важной статьи экспорта в Перу, всё больше истощал рыбные ресурсы и наложился на активизацию Эль Ниньо, что привело к нарушению экосистемы всей страны. Аграрная реформа вызвала всё усиливавшееся сопротивление латифундистов, что привело к нехватке продовольствия и как следствие социальным волнениям.
Другой главной целью Веласко, кроме установления антикапиталистического строя, должно было стать возвращение территорий потерянных Перу во время войны с Чили.
Распускались слухи, что нападение Перу на Чили начнётся 5 октября 1975 года с массированного нападения с моря, воздуха и с земли. Аугусто Пиночет даже провёл по этому поводу встречу с госсекретарём США Генри Киссинджером. Чилийский диктатор приказал готовиться к превентивной войне против Перу, однако глава его ВВС отверг подобные планы. Сам Хуан Веласко Альварадо всегда отрицал наличие каких бы то ни было агрессивных намерений относительно Чили. В 1999 году Пиночет признал, что если бы Перу тогда напала на Чили, то страна потерпела бы финансовый крах, а перуанские войска достигли Копьяпо.
Экономические трудности вызванные внешним и внутренним сопротивлением проводимым реформам привели к огромной инфляции, безработице и нехватке продовольствия и, как следствие, к народным волнениям. После подавления народных выступлений в 1974 году, на администрацию Веласко всё больше увеличивалось давление со стороны военных что привело к военному перевороту 29 августа 1975 года и смещению его со своего поста. Новая военная хунта назначила президентом премьер-министра при правительстве Веласко Франсиско Моралес Бермудеса, который прекратил левые реформы и стал проводить правую политику.
В течение года перед переворотом Веласко был серьёзно болен, ему был ампутирована нога из-за эмболии. На момент переворота Веласко находился в зимней президентской резиденции за городом на лечении в 20 километрах к востоку от Лимы. После переворота генерал Веласко немедленно призвал собраться кабинет министров, но прибыв на встречу обнаружил что вернуть власть уже не в его силах и обратился к нации объявляя о решении не сопротивляться перевороту потому что «Перуанцы не могут бороться друг против друга».
После отставки Веласко вёл себя сдержано и не принимал активного участия в политике. Умер Хуан Веласко Альварадо 24 декабря 1977 года в возрасте 67 лет.