Трокслер обучался философии и медицине в Йене и Гёттингене под руководством таких учёных как Гегель и Шеллинг. В Гёттингене получил докторский титул.
В качестве врача начал практиковать в Вене, где подружился с Бетховеном. В 1804 году выходит в свет его труд Об исчезновении заданных предметов в пределах нашего поля зрения (нем. ?ber das Verschwinden gegebener Gegenst?nde innerhalb unseres Gesichtskreises), в котором описывается феномен, получивший впоследствии название «эффект Трокслера».
С 1805 года Игнац Трокслер продолжил врачебную карьеру в Люцерне, где стал подвергать частой критике швейцарскую систему здравоохранения. В 1809 году состоялась его свадьба с уроженкой Потсдама Вильгельмине Польборн.
После многочисленных переездов, в 1911 году Трокслер возвращается в Беромюнстер, где публикует сочинение Взгляды на человеческое бытие (нем. Blicke in das Wesen des Menschen), в котором порывает с философией Шеллинга и обращается к антропологии.
В 1815 году Трокслер представляет Швейцарию на Венском конгрессе.
В 1820 году Игнац Трокслер становится профессором философии и истории в лицее Люцерна, но буквально через год был вынужден покинуть свою должность из-за политического давления. После чего он основывает институт воспитания в Арау и продолжает врачебную практику.
В 1830 году Трокслер занимает профессорскую должность в Базеле, но уже в 1831 году лишается её, так как вскрывается его участие в разделе швейцарского кантона Базель.
В 1832 году Игнац Трокслер становится участником «Большого совета» кантона Аргау, а в 1834 году профессором Бернского университета, и и практиковал вплоть до 1850 года. Последние годы жизни учёного прошли в его поместье в Арау, где он и скончался в 1866 году.
Политически Трокслер являлся ревностным поборником швейцарского единения. В качестве философа следовал он сначала Шеллингу, но с 1834 года повернулся в сторону Якоби.