Член Политкомитета Российской Демократической партии «Яблоко».
Окончил биолого-почвенный факультет Ленинградского государственного университета (1983), аспирантуру при кафедре анатомии и физиологии Ленинградского государственного педагогического института им. А. И. Герцена. Кандидат биологических наук. С 1986 года — ассистент, с 1990 — доцент этой кафедры.
Второе высшее образование — юридическое. Автор 43 научных статей и изобретений, 6 монографий по вопросам бюджета и экономики.
В политике с 1989 года. В 1990 году избран депутатом Ленсовета, был председателем комиссии по экологии и городскому хозяйству. Возглавлял Региональную партию центра, ставшую затем основой петербургской организации «Яблока». Согласно Марине Салье, работал агентом КГБ.
С 1994 года — председатель комиссии по городскому хозяйству, председатель координационнной группы по бюджету и финансам Законодательного Собрания Петербурга. Автор многочисленных законов Санкт-Петербурга в области избирательного права, бюджетного процесса, налогообложения, политики заимствований и налоговых льгот, финансирования городского хозяйства и экологии.
В 1996 году назначен первым вице-губернатором и председателем Комитета финансов Администрации Петербурга.
В 1999 году — руководитель Фонда экономических и политических исследований «ЭПИЦентр — Санкт-Петербург».
В декабре 1999 года стал депутатом Государственной Думы России третьего созыва. Заместитель председателя фракции «Яблоко», заместитель председателя Комитета по кредитным организациям и финансовым рынкам.
В 2000 году баллотировался на пост губернатора Санкт-Петербурга, занял второе место, набрав 14,68 % голосов.
С 10 марта 2004 года — руководитель Федеральной антимонопольной службы. На должность назначен распоряжением Правительства Российской Федерации от 10 марта 2004 года № 329-р.