Родился 8 марта 1932 года в селе Становой Колодезь Орловского района Орловской области в крестьянской семье. При крещении в церкви соседнего села Лукино был наречён в честь св. Алексия, человека Божьего. По собственному признанию, молиться начал с трёх лет.
В 1949 году окончил среднюю школу в родном селе. Служил в армии, где вступил в ряды ВЛКСМ.
С 1955 по 1958 год обучался в машиностроительном техникуме в Серпухове, а после окончания распределён на работу в город Камышин Волгоградской области. Посещал единственную в городе действующую церковь в честь свт. Николая, где его первым духовником стал священник Иоанн Букоткин, который рекомендовал молодому человеку поступить в Саратовскую духовную семинарию. После закрытия Саратовской семинарии был переведён в Ленинградскую духовную семинарию, а позднее окончил Ленинградскую духовную академию, где митрополитом Никодимом (Ротовым) был пострижен в монашество с именем Илиан (в честь одного из сорока мучеников Севастийских). Позднее митрополитом Никодимом был последовательно рукоположён в сан иеродиакона и иеромонаха. Нёс своё служение в разных храмах Ленинградской епархии.
С 1966 по 1976 год провёл в Псково-Печерском монастыре, а под влиянием прочтения книги о Силуане Афонском принял решение о поступлении в Пантелеимонов монастырь на Афоне.
3 марта 1976 года определением Священного Синода был направлен нести иноческое послушание на Афоне. Проживал в Старом Русике, исполнял обязанности духовника Пантелеимонова монастыря.
В 1989 году был призван в Россию и направлен в качестве духовника в востанавливающуюся Оптину пустынь. Настоятелем обители архимандритом Евлогием (Смирновым) был пострижен в великую схиму с именем Илий (в честь одного из мучеников Севастийских).
После Поместного собора 2009 года был избран духовником своего сокурсника по Ленинградской духовной академии — новоизбранного патриарха Московского Кирилла (Гундяева).
4 апреля 2010 года на Пасху в кафедральном храме Христа Спасителя в Москве патриархом Кириллом был возведён в сан схиархимандрита.
Проживает в Переделкине на территории подворья Троице-Сергиевой лавры.