Родился в Казахстане в семье сосланных чеченцев. В 1991 году окончил Ростовский государственный университет. Был офицером Советской армии. С 1991 по 1994 год занимался бизнесом в Москве.
В 1991 году Джохар Дудаев назначил Ахмадова первым заместителем министра иностранных дел Чечни.
После начала Первой чеченской войны в 1994 году вернулся в Чечню, участвовал в первой чеченской войне. Был адъютантом террориста Шамиля Басаева. Входил в ближайшее окружение чеченского лидера Аслана Масхадова.
В июне 1999 года президент Ичкерии Аслан Масхадов назначил его министром иностранных дел. Возможно, именно тогда же Ахмадов был в Чечне в последний раз. Ахмадов посещал различные страны, где пытался привлечь внимание правительств этих стран и руководство международных организаций к «российскому вмешательству в дела республики Ичкерия». В конце 1999 года посетил Чехию. В феврале 2000 года он был принят уполномоченным МИД ФРГ по правам человека, после чего провёл пресс-конференцию. Российский МИД заявил протест.
В мае 2000 года Ахмадову была выдана многократная виза на въезд в США, что вызвало некоторые осложнения при подготовке российско-американского саммита, так как по заявлениям российской стороны, Ахмадов «представляет интересы чеченских террористов».
В июне 2000 года встречался с госсекретарём США Мадлен Олбрайт и со Збигневом Бжезинским.
В 2004 году решеним иммиграционного суда в Бостоне (штат Массачусетс) Ахмадову было представлено политическое убежище. Государственные власти безуспешно пытались это решение опротестовать. В 2004 году американский неправительственный «Национальный фонд демократии», предоставил Азмадову исследовательский грант Рейгана-Фасцелла, в рамках работы по которому Ахмадовым была написана и опубликована книга: «Борьба Чечни: победа и поражение» (англ. The Chechen Struggle: Independence Won and Lost). Книга вышла в издательстве Macmillan в 2010 году, предисловие к книге написал политолог Збигнев Бжезинский.
20 января 2011 года в Вашингтоне в Фонде развития демократии прошла презентация книги. Книга вызвала очередной протест российских властей и акции прокремлевских движений у посольства США в Москве.
В настоящее время Ильяс Ахмадов проживает в США. По словам Ильяса Ахмадова Збигнев Бжезинский его хороший друг.
Женат, имеет трех сыновей.