Иоганн Дайзенхофер родился в Германии в небольшом местечке Цузамальтхайме в 1943 году. Учился в 1965—1971 годах в Мюнхенском техническом университете. В 1974 году закончил диссертацию под руководством Роберта Хубера в Институте Макса Планка по биохимии. Дайзенхофер, Роберт Хубер и Хартмут Михель смогли получить точную структуру бактериального реакционного фотосинтетического центра за что в 1988 году были удостоены Нобелевской премии по химии.