Родился в Иране, детство провёл в Калькутте. В 1751—1759 жил в Великобритании, где ознакомился с идеями Просвещения, а также обучался артиллерийскому делу и искусству фортификации и в звании лейтенанта принимал участие в боевых действиях англичан против французов.
В 1759 Эмин выехал в Армению, где пытался организовать восстание армян против турок. В 1761 вёл переговоры с русским правительством в Петербурге о создании федеративного армяно-грузинского государства в главе с грузинскими Багратидами под покровительством России. В 1763 вместе с М.Баграмяном направился в Грузию, где установил связь с армянскими меликами Карабаха и пытался привлечь к войне с Турцией предпоследнего грузинского царя Ираклия II. Не получив поддержки армянского католикоса Симеона и грузинского царя, вынужден был выехать из Грузии (1764) в Карабах к гюлистанскому мелику Иосифу, которого также пытался склонить к восстанию против турок. Здесь ему даже пришлось принимать участие в сражении с войсками Магомет-хана, обороняя Геташен.
С 1770 Эмин жил в Калькутте.
Эмин был первым в армянской действительности просветителем, воспринявшим идеи европейского Просвещения XVIII века и активно пропагандировавшим эти идеи, выступал против крепостничества, был сторонником республиканского строя.
Историю своей жизни Эмин рассказал в своей автобиографии, написанной на английском языке и изданной в Лондоне в 1792 г. под названием «The Life and Adventures of Joseph Emin an Armenian, written in English by himself».