В годы Второй мировой войны Берлин работал в британской службе информации в США (1941—1942), a в 1945—46 гг. 2-м секретарем британского посольства в СССР. Находясь в Советском Союзе встречался в Москве с Борисом Пастернаком и в Ленинграде с Анной Ахматовой. В обстановке начавшейся изоляции СССР эти встречи, по-видимому, послужили поводом для последующих гонений в известном постановлении ЦК КПСС «О журналах „Звезда“ и „Ленинград“», в котором шельмованию подверглись Ахматова и Зощенко, усилению режима цензуры в СССР.
С 1956 до конца жизни Берлин был женат на Алин Халбан (в девичестве — Гинцбург), племяннице издателя «Еврейской энциклопедии» Давида Гинцбурга, внучке еврейского общественного деятеля и финансиста Горация Гинцбурга.
В 1957 Берлин возведён в рыцарское звание, в 1971 награждён британским орденом «За заслуги». В Риге, на фронтоне дома, в котором родился Берлин, установлена мемориальная доска в его память.
Основной вклад Берлина в англо-американскую либеральную традицию в частности и политическую философию вообще связан с разработкой вопроса о свободе и идеей, именуемой плюрализмом ценностей (value-pluralism). В соответствии с этой идеей, не существует универсального стандарта, позволяющего ранжировать или иерархизировать все человеческие ценности и цели в рамках какой-либо синоптической теории. Традиционные либеральные ценности – свобода, справедливость и равенство – невозможно гармонизировать в пределах единой системы принципов, напротив: нередко они конфликтуют друг с другом. Поскольку предельные цели обречены на перманентную междоусобицу, мы вынуждены совершать драматический выбор между конфликтующими целями и конфликтующими элементами единой цели. Таким образом, социально-антропологическим содержанием идей Берлина является концепция человеческой деятельности как нестабильности, неопределенности, вытекающей из торжества самоопределения за счет выбора и связанной с этим выбором утраты. Плюралистический либерализм представляет собой альтернативу всем теориям, импликации которых отсылают к идее совершенного человеческого существа и совершенного человеческого общества, в котором объективные ценности гармонизированы и согласованы.
Подобный взгляд, именуемый британским политическим философом Джоном Греем агональным либерализмом (agonical liberalism), представляет собой новый тип либерализма. По контрасту с доминирующими либеральными теориями, базирующимися на представлении о совместимости фундаментальных прав, свобод и стандартов равенства, и которые потому являются оптимистичными, данная версия либерализма ближе к позиции стоического и трагического либерализма, утверждающего принципиальную несовместимость и несоизмеримость ценностей. Темы моральной трагедии и утраты, выбора между добром и злом и моральной ответственности писателя являются русскими элементами доктрины Берлина и, как утверждает, Дж. Грей, для «порой выдыхающегося» англо-американского профессионального дискурса они нехарактерны.
В своей речи при вступлении в должность профессора социальной политологии Оксфордского университета, которая впоследствии получила форму эссе «Две концепции свободы», Берлин, базируясь на интуиции плюрализма ценностей, определил две концепции свободы: «негативная» и «позитивная». «Негативная» свобода, по мнению Берлина, есть отсутствие ограничений, препятствующих действиям человека или группы людей в их намерениях осуществить осознанные желания. В противоположность этому, «позитивная» свобода толкуется как возможность человека или группы людей самостоятельно, без вмешательства внешних факторов, определять свою судьбу. В историческом развитии два введенных таким образом понятия свободы, согласно Берлину, развивались в расходящихся направлениях, достигнув в конце концов прямого столкновения. Подчеркивая естественность обоих воззрений, Берлин находит однако, что «позитивная» концепция свободы часто может стать основой политических злоупотреблений, так как в поисках самостоятельного выбора людям свойственно отождествлять правильность решения с собирательными концепциями в форме «высшего разума», религии или государства. При этом, без различия форм, принятое таким образом «правильное решение» противоставляется иррациональным влечениям, неконтролируемым желаниям и вообще «низкой» природе человека. Говоря словами самого Берлина: «Я воспринимается как нечто большее, чем сам индивид… как некое социальное целое — будь то племя, раса, церковь, государство». Подобное противопоставление неизбежно ведёт к вырабатыванию единой воли такого социального целого и её навязыванию своим непокорным членам, достигая таким образом собственной свободы.
Относя размышления Канта, Руссо, Гегеля к «позитивной» школе свободы, Берлин отмечает, что развитие идей такого рода привело к отождествлению свободы с разного рода политическими ограничениями, особенно в XIX—XX веках, когда они широко использовались как база для национального самоопределения, демократического самоуправления и коммунистического толкования гуманности. В высшей точке выражения, эти идеи, парадоксальным образом, трактуют свободу индивидуума как форму коллективного контроля, необходимую для самоопределения наций, социальных групп и, возможно, всего человечества. Таким образом, Берлин устанавливает связь между «позитивной» интерпретацией свободы и тоталитаризмом. «Негативная» свобода, соответственно, наоборот служит, на его взгляд, обеспечению незыблемых границ свободы человека и/или групп людей, за которые не может преступать никакая власть.
Берлин неоднократно говорил о том воздействии, которое оказала на него традиция немецкого идеализма, и в особенности – Кант. Плюрализм ценностей – идея, которую Берлин заимствует у Макиавелли, Вико, Гердера (в наиболее разработанной форме культурного плюрализма), а также немецкого романтизма. С рецепцией той же обширной традиции, которую Берлин именует Контр-просвещением, связано его неприятие интервенции научных моделей в область общественных отношений и истории, расцениваемой как история человеческих деяний . При этом романтическую традицию, основанную на критике разума, Берлин понимает не столько как препятствие для развития идей Просвещения, но скорее как ее необходимую полярную противоположность, без который политический либерализм и современный индивидуализм западной культуры не были бы возможны. Это – один из принципиальных «парадоксов», являющийся в высшей степени характерным для стилистики мышления И. Берлина.
Несмотря на то, что Берлин покинул Россию в детстве, он хорошо говорил по-русски и всегда интересовался русской историей и культурой. Многие из его статей посвящены таким темам, как русская интеллигенция и народничество; фигурам Александра Герцена, Михаила Бакунина, Виссариона Белинского, Ивана Тургенева, Николая Чернышевского, Льва Толстого. Статьи Берлина побудили английского драматурга Тома Стоппарда написать пьесу «Берег утопии», главные герои которой — русские писатели, мыслители, революционеры XIX века.
В СССР Берлин встречался с Ахматовой и Пастернаком. Берлину посвящены некоторые произведения Ахматовой: два стихотворных цикла («Cinque», «Шиповник цветёт»), а также «Поэма без героя»:
Берлин был одним из первых, с кем встретился Иосиф Бродский, когда приехал в Лондон в 1972 году; Бродский написал о нём эссе «Исайя Берлин в восемьдесят лет». В 2000 году вышел документальный роман «Сэр» Анатолия Наймана, который, в основном, состоит из расшифрованных бесед автора с Берлином.
Издания Берлина на русском языке долго не появлялись. В 1992 году журнал «Знамя» отклонил переведённую Борисом Дубиным статью «Рождение русской интеллигенции» на том основании, что в ней изложены слишком известные факты (опубл.: Вопросы литературы, 1993, вып. VI). Наиболее полно творчество Берлина представлено в двухтомнике, изданном «Новым литературным обозрением» в 2001 году: «Философия свободы. Европа» и «История свободы. Россия».