1 сентября 2004 года группа террористов захватила более тысячи заложников в г. Беслан, республики Северная Осетия-Алания, атаковав школу № 1, где для празднования Дня знаний собрались дети, родители и учителя. Иван Каниди оказался в числе заложников.
Через два дня после взятия заложников нескольким матерям с грудными детьми было разрешено покинуть здание с их детьми. Командир отряда террористов увидел Каниди, старого больного человека, и предложил ему уйти. Но Каниди отказался, сказав, что он останется «с [его] школьниками до конца». Всё время испытаний Каниди делал для детей всё, что было в его силах. Когда дети умирали от жары, духоты и жажды, Каниди обратился к террористам, настаивая на том, что «Вы должны дать детям что-нибудь попить, хотя бы самым маленьким». Когда один из террористов тяжело избил его прикладом автомата, Каниди дерзко заявил: «Как вы смеете?! Вы заявляете, что вы кавказцы, но здесь, на Кавказе, даже собака не откажет старому человеку!». После этого террористы разрешили ему намочить нагрудник и подносить ко ртам самых маленьких детей, которые задыхались от жажды.
Выжившие заложники рассказывают, что он снова и снова рисковал собственной жизнью, чтобы спасти тех детей, как он отодвигал взрывчатку, положенную рядом с ними, и пытался предотвратить детонацию других.
Каниди был убит на третий день после взятия заложников. После взрывов в спортзале выжившие заложники начали выбираться наружу, в то время как террористы попытались перегнать их в столовую. Каниди набросился на одного из террористов, чтобы дать детям спастись, и сумел отобрать автомат, но поскользнулся и был застрелен боевиком из пистолета.
Впоследствии один из школьников сравнил его с польским героем Янушем Корчаком, который вместе со своими учениками пошёл в Треблинку.