29 июня 1977 года был рукоположен в священника. В 1978 году окончил обучение на теологическом факультете Люблянского университета.
Изучал дипломатию в Папской Церковной академии и 1 мая 1984 года поступил на дипломатическую службу Святого Престола. В 1984—1988 годах — секретарь Апостольской нунциатуры в Южной Корее. В 1988 году стал доктором канонического права в Папском Латеранском университете. В 1988—1992 годах — аудитор Апостольской нунциатуры в Колумбии. В 1992—1996 годах — советник Представительства Святого Престола в Российской Федерации. В 1993—1996 годах — профессор канонического права в Католическом богословском колледже святого Фомы Аквинского. Впоследствии, советник в Государственном секретариате Святого Престола по вопросам Организации по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ).
С 28 июля 2001 года по 22 апреля 2004 года — апостольский нунций в Беларуси. 28 июля 2001 года назначен титулярным архиепископом региона Крбава. 6 октября 2001 года хиротонисан в Любляне. С 22 апреля 2004 года апостольский нунций на Украине, 16 июня 2004 года — представил свои верительные грамоты).
19 февраля 2011 года Папа Римский Бенедикт XVI назначил Ивана Юрковича Апостольским нунцием в Российской Федерации.
14 июля 2011 года вручил верительные грамоты Президенту Российской Федерации Дмитрию Анатольевичу Медведеву.
С 22 июля 2011 года — Апостольский нунций в Узбекистане по совместительству.
Кроме родного словенского владеет итальянским, английским, русским, испанским, немецким, французским и украинским языками.