Родился в семье священника.
Супруга — Евфросиния Михайловна. Дети — Нина и Вера.
12 марта 1931 года был арестован ГПУ по доносу соседей вместе со своими прихожанами — по обвинению в выступлениях против колхозов и создании группы под его руководством. Виновным себя не признал. Арестованные прихожане также не признали себя виновными. По приговору тройки ОГПУ от 20 апреля 1931 года был обсужен на 5 лет исправительно-трудовых лагерей. Также на разные сроки были осуждены четверо прихожан. Семья о. Иоанна была выселена из дома, имущество было полностью конфисковано. Дочерям о. Иоанна Нине и Вере на тот момент было восемь и четыре года. После ареста супруга с детьми поселились в Бежецке у матери о. Иоанна. Жене пришлось побираться, так как жену священника брать на работу не хотели. В 1937 году у неё отнялись ноги.
Из лагеря о. Иоанн отправил ряд писем своей семье. В последнем письме, датированном 28 июля 1934 года, он говорил, что из Вишерского лагеря его должны отправить в неизвестном направлении этапом. На тот момент о. Иоанн был тяжело болен туберкулёзом и вскоре скончался. Точная дата кончины неизвестна.
Реабилитирован по Указу Президиума ВС СССР от 16 января 1989.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания Деянием Юбилейного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви, проходившего 13—16 августа 2000 года в Москве.
День памяти: 6/19 апреля и в Соборе новомучеников и исповедников Российских.