Её муж умер через две недели после рождения сына. С этого момента началась борьба Изабеллы за престол для малолетнего Яноша Сигизмунда, который был избран королём Венгрии. После взятия в 1541 году Буды турками Сулейман Великолепный передал Изабелле Трансильванию, где она правила от имени своего сына. Настоящая власть находилась в руках кардинала Георга Мартинуцци. В 1549 году легаты короля Чехии и Венгрии (эрцгерцога Австрии) Фердинанда I и Изабелла согласились вернуть Трансильванию в королевство Венгрии. Летом 1551 года она была вынуждена оставить Трансильванию, которая согласно договору в Ньирбаторе перешла в руки Фердинанда I Австрийского. Вернулась обратно в 1556 году со своим сыном. Умерла в Альбе Юлии 15 сентября 1559 года.
Примечательно, что голову Изабеллы (как священную реликвию), подаренную в Мадриде королевой Анной Австрийской (последней женой Филиппа II), носил с собой архиепископ Боготы (Колумбия) Луис Сапата де Карденас. В 1573 году он поместил её в серебряный ларец в главной церкви города и объявил Изабеллу защитницей города, а день почитания этой святой был установлен на 19 ноября.