1 июля 1934 года поступил на службу в ВМФ кадетом. 1 июля 1935 года произведен в фенрихи, 1 апреля 1937 года — в лейтенанты. Служил инструктором в военно-морской школе в Мюрвике.
В 1939 году переведен в подводный флот и в ноябре 1940 года назначен 1-м вахтенным офицером на построенную в Турции подлодку U-A, которой командовал Г. Экерман.
Во время своего первого похода U-А повредила британское судно «Империя Аттендант» (водоизмещением 7524 брт).
С 5 ноября 1941 года командовал подлодкой U-172. На ней он совершил 5 боевых походов в Карибское море, Южную и Северную Атлантику (проведя в море в общей сложности 373 суток).
Крупнейшим достижением Эммермана стало потопление британского транспортного корабля «Оркадес» водоизмещением 23 456 брт.
27 ноября 1942 года награжден Рыцарским крестом Железного креста. 4 июля 1943 года получил дубовые листья к Рыцарскому кресту, а 1 октября — Знак подводника с бриллиантами.
После возвращения из пятого похода 1 ноября 1943 года назначен командиром 6-й флотилии подводных лодок, базировавшейся в Сен-Назере (Франция).
В августе 1944 года Эммерман возглавил исследовательскую группу по подлодкам Типа XXIII, в конце 1944 ему поручена разработка инструкций по применению новых подлодок Типа XXII с электрическими двигателями.
3 марта 1945 года назначен командиром подлодки U-3037, он оставался в этой должности до 22 апреля, но в боевых походах участия уже не принимал.
Всего за время военных действий Эммерман потопил 26 судов общим водоизмещением 152 778 брт.
С апреля 1945 года командовал 31-й флотилией подлодок в Гамбурге. В самом конце войны из его подчиненных была сформирована пехотная часть, получившая название морского батальона Эммермана, с которой он участвовал в боях с союзниками под Гамбургом.