Карл был младшим из сыновей Филиппа II (Филиппо) Безземельного и его второй жены Клодин де Бросс, которая потенциально могла претендовать на наследование бретанской короны.
В детстве Карл не предназначался для наследования какой-либо короны. Лишь когда ему исполнилось 10 лет, отец неожиданно (после смерти своего племянника Карла II) стал герцогом Савойи и главой Савойской династии.
В 1497 году брат Карла Филиберт наследовал титул герцога Савойского, но умер в детстве в 1504 году. Таким образом, в 18 лет Карл стал герцогом. Как и последующие наследники, он именовал себя королём Кипра и Иерусалима, памятуя о наследии своей бабки, Анны Кипрской. В 1713 году савойский правитель Виктор-Амадей II получил признание этих титулов от королей Испании и Франции.
На протяжении всего своего правления Карл оставался верным союзником главы Габсбургского дома Карла V, с которым сражался его племянник Франциск I. По этой причине французы вторгались в его герцогство несколько раз, и к 1536 году захватили почти все его владения.
Сам герцог провел оставшуюся часть жизни фактически в изгнании, при дворах своих родственников. В памяти потомков Карл Добрый остался главным образом как тиран, заточивший в Шильонском замке свободолюбивого Бонивара. Эта мера не предотвратила потерю савойцами в 1530-х гг. швейцарских владений, включая Женеву, Лозанну и Ваадт.
Карл III был женат на Беатрисе Португальской (1504—1538), дочери португальского короля Мануэла I. У пары было 9 детей, но совершеннолетия достиг только Эммануил Филиберт.