Рокитанский в 1828 г. стал ассистентом патологоанатомического института в Вене, а с 1834 до 1875 г. был профессором патологической анатомии в Венском университете. Одновременно с профессурой он занимал должности прозектора большого венского госпиталя и судебного анатома. Его лекции и сочинения, особенно «Handbuch d. pathologischen Anatomie» (Вена, 1842—46; 3 изд., 1855—61) получили всеобщую известность. Подобно прежним гуморальным патологам, Р. особое значение приписывал крови и в ней и изменениях её видел ближайшие причины болезней. В «кразе крови» (Blutkrase) он искал причину большинства конституционных болезней и различал кразу тифозную, туберкулезную и т. д. Благодаря Р., микроскоп, введёный в патологическую анатомию Иог. Мюллером, стал важнейшим орудием патологоанатомических исследований. Но главная заслуга Р. заключается в том, что он сделал патологическую анатомию основой патологии и научной медицины вообще.
На основе собранного Р. материала Шкода, Гебра, Оппольцер и др. возвели здание новейшей диагностики, физиологической патологии и терапии и создали славу венской медицинской школы. последним, самым известным сочинением Рокитанского был труд, посвященный врожденным порокам сердца «Die Defekte der Scheidew?nde des Herzens» (Вена, 1875). Здесь Рокитанский впервые описал корригированную транспозицию магистральных сосудов.
В русском переводе имеется его труд «Руководство к патологической анатомии» (Москва, издательство Московского Императорского университета, 1844—1849) и сочинение «О маточных кровотечениях и их лечении» (СПб., 1876). Ср. сборник, изданный по поводу юбилея Р. под заглавием: «Rokitansky» (Вена,1874). Старший сын его Ганс (1835—1896) был профессором венской консерватории.