Начал профессиональную карьеру в клубе «Дефенсор Спортинг», в 2004 году перешёл в команду «Серрито». В 2007 году оказался в андорской команде «Сан-Хулиа». В июне 2007 года в составе команды выступал в Кубке Интертото. В первом домашнем матче против боснийской «Славии» (2:3), Карлос Пеппе забил гол на 64 минуте в ворота Ратко Дуйковича. Второй матч «Сан-Хулиа» также проиграла (3:2) и вылетела из турнира.