Дебютировал в июне 1997 года.
В августе 2005 года Кинтана вышел на ринг против гайанца Диллона Карью. В середине 1-го раунде Кинтана провёл встречный правый хук в челюсть. Карью рухнул на канвас. Он попытался встать, но на счёт 10 подняться не успел. Рефери зафиксировал нокаут.
В мае 2006 года состоялся бой двух непобеждённых боксёров — Карлоса Кинтаны и Хоэля Хулио. Кинтана победил единогласным решением судей.
В декабре 2006 года состоялся бой за вакантный титул WBA в полусреднем весе между двумя непобеждёнными пуэрториканцами Карлосом Кинтаной и Мигелем Анхелем Котто. Бой получился зрелищным. В конце 5-го раунда Котто левым боковым в печень послал противника на канвас. Кинтана с трудом поднялся. Котто бросился его добивать, и после серии ударов Кинтана вновь упал. Он вновь встал. Рефери Стив Смогер, который известен, тем, что позволяет боксерам добивать друг друга до тяжелого нокаута, позволил поединку продолжиться. Кинтана продержался до гонга. В перерыве между 5-м и 6-м раундами врач посоветовал прекратить бой.
В феврале 2008 года Карлос Кинтана вышел на ринг против чемпиона мира в полусреднем весе по версии WBO Пола Уильямса. Уильямс заметно превосходил своего проивника в росте и размахе рук. Несмотря на это, Кинтана успешно разрывал дистанцию, и пробивал удары. По итогам 12-ти раундом судьи единогласно определили победителем Карлоса Кинтану. Неофициальный судья телеканала HBO Харольд Ледерман счёл победителем Уильямса.
В июне 2008 года состоялся 2-й бой между Карлосом Кинтаной и Полом Уильямсом. В середине 1-го раунде Уильямс провёл встречный правый кросс в голову противника. Кинтана попытался спастись в клинче, но неудачно. Уильямс провёл ещё несколько хуков в голову и корпус. Кинтана дрогнул и едва не упал. Американец провёл еще несколько ударов. Пуэрториканец попытался уйти. Уильямс пробил правый хук вдогонку. Кинтана рухнул на канвас. Он, шатаясь, поднялся на счёт 5. Уильямс бросился его добивать. 1-м же ударом — левым хуком — он попал в челюсть. У пуэрториканца подкосились ноги, но он смог устоять, оперевшись о канаты. Уильямс начал его забивать. Кинтана спиной назад, пройдя через весь ринг, зашёл в противоположный угол. Американец выбросил несколько хуков по шатающейся цели, но большая часть ударов прошла мимо. В углу Уильямс провёл точный левый хук в челюсть. Потом туда же добавил ещё один левый крюк. Кинтана рухнул на пол, попутно обхватив американца. Уильямс не устоял на ногах, и тоже упал. Рефери сразу же прекратил бой. Кинтана был в неадекватном состоянии. На ринг сразу же выбежали врачи, подняли пуэрториканца и усадили его на табуретку.