Карлос скароне начал свою карьеру в молодёжном составе клуба «Насьональ», откуда он пришёл в клуб «Ривер Плейт» из родного города Монтевидео, в нём он выступал 2 года.
В 1909 году он перешёл в стан лидера уругвайского футбола тех лет ЦУЖДКК, принадлежащий британской железнодорожной компании, в 1913 году железнодорожная компания отказалась от содержания команды, но та не была расформирована, а поменяла название на «Пеньяроль», вместе с тем, небольшая часть игроков решила не продолжать карьеру в преобразованном клубе и ушла, одним из этих игроков был Карлос Скароне, который ухал в Аргентину, чтобы выступать за клуб «Бока Хуниорс», в котором провёл меньше года и вернулся в Уругвай.
В 1914 году Скароне стал игроком «Насьоналя», воспитанником которого он был. Скароне выступал за «Насьональ» на протяжении 13 лет, девять из которых он был капитаном команды, выиграв 8 чемпионатов Уругвая и проведя в общей сложности 227 матчей и забив в них 152 гола.
В сборной Уругвая Скароне дебютировал 15 августа 1909 года в матче со сборной Аргентины в Кубке Липтона, в котором уругвайцы проиграли 1:2. Участвовал Скароне и в чемпионате Южной Америки в 1917 году, в котором уругвайцы были сильнее всех, выиграв 3 матча из трёх, а сам Скароне забил 3 мяча, став вторым, после партнёра по команде, Анхеля Романо бомбардиром турнира. В следующем южноамериканском первенстве, которое прошло через два года после уругвайского триумфа, сборная довольствовалась вторым местом, вслед за хозяевами — бразильцами, а Скароне вновь стал вторым снайпером турнира, вновь забив в 3-х матчах 3 мяча. На чемпионате Южной Америки 1920, в котором Уругвай вновь стал лучшей командой Южной Америки, Скароне был в заявке на турнир, но ни одного матча так и не провёл. Всего за сборную Уругвая Скароне сыграл 25 раз и забил 18 мячей.
После окончания карьеры Скароне стал спортивным директором «Насьоналя», а затем и первым профессиональным тренером клуба, с признанием в Уругвае профессии футболиста законной в 1932 году.