Каталина Микаэла была младшей дочерью короля Испании Филиппа II и его третьей жены Елизаветы Валуа. Она была названа в честь своей бабки по-материнской линии Екатерины Медичи и св.Михаила. Она потеряла свою мать очень рано, когда ей был всего один год, та умерла после очередных неудачных родов. Каталина Микаэла росла вместе со своей старшей сестрой Изабеллой Кларой Евгенией при дворе своего отца под присмотром кормилицы Марии де Месса.
Каталина Михаэла вышла замуж 18 марта 1585 года в Сарагосе за герцога Карла Эммануила I Савойского и покинула испанский двор. Каталина после замужества больше своего отца не видела. Несмотря на разлуку она до самой его смерти вела оживленную переписку с отцом и другими членами семьи.
Каталина родила 10 детей и была большую часть семейной жизни на сносях. Она умерла в возрасте 29 лет 6 октября 1597 года в Турине от осложнений вызванных преждевременными родами через год после рождения своего последнего ребенка, Томаса Франца Савойского. Томас Франц был дедом Евгения Франца Савойского, более известного как принц Евгений Савойский. Хотя Каталину и постигла судьба её матери, тем не менее она выполнила свой династический долг и родила Савойскому дому наследника престола.