По сословному положению — инородец Аскизской инородческой управы. Детское (оригинальное) имя - Пора?.
После окончания в 1876 году Аскизского училища поступил в Красноярскую мужскую гимназию, которую окончил в 1884 году с золотой медалью.
С 1884 года по 1888 год учился на факультете восточных языков Санкт-Петербургского Императорского университета
С 1889 года по 1892 год был командирован Императорской Санкт-Петербургской Академией Наук и Императорским Русским географическим обществом в Сибирь, Монголию и Китайский Туркестан для изучения языка и быта тюркских племен.
В конце 1893 года сдал экзамены на степень магистра турецко-татарской словесности и был назначен в Казанский университет экстраординарным профессором по кафедре турецко-татарских наречий.
С 1896 года по 1898 год совершил поездки в западные уезды Уфимской губернии с целью изучения диалектов башкирского языка. На рубеже XIX — XX веков им была составлена «Азбука для башкирского языка» на основе кириллицы.
В 1903 год защитил докторскую диссертацию «Опыт исследования урянхайского языка», в которой описан грамматический строй в сопоставлении с другими тюркскими языками.
Катанов некоторое время являлся также членом Казанского Временного комитета по делам печати, в котором занимался рассмотрением книг на татарском языке.
В 1907 году Казанский университет присудил ему вторую докторскую степень без защиты диссертации.
В 1911 году он перешел на работу в Казанскую духовную академию, в которой преподавал до 1917 года, после чего вновь вернулся на прежнее место работы.
Н.Ф. Катанов состоял членом двух иностранных обществ: Societe des sciences et lettres в городе Левене, в Бельгии, и Ungarische ethnographische Gesellschaft, в городе Будапеште, в Венгрии, также членом-корреспондентом финно-угорского общества в городе Гельсингфорс, действительным членом императорского Русского географического общества (1894), императорского русского археологического общества, императорского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии в Москве, туркестанского кружка любителей археологии в городе Ташкенте, был действительным членом статистических комитетов казанского и семипалатинского.
Шестнадцать лет (1898 - 1914) Н.Ф. Катанов возглавлял Общество археологии, истории и этнографии (ОАИЭ) при Казанском университете, с 1920 снова стал членом его Совета.
Н. Ф. Катанов активно участвовал в трезвенническом движении, личным примером пропагандируя здоровый образ жизни и всемерно содействуя распространению антиалкогольной литературы. Он в разное время состоял членом-соревнователем (с 4 /16/ сентября 1896 г.), действительным (с 14 /26/ июня 1897 г.), почётным и пожизненным членом «Казанского Общества Трезвости» (КОТ), а также членом его Комитета и секретарём. Кроме того, Н. Ф. Катанов являлся старостой храма во Имя Всемилостивого Спаса, действовавшего при КОТ.
Н. Ф. Катанов активно публиковал работы антиалкогольной и исторической направленности в журнале «Деятель», который, по сути дела, долгое время соредактировал, являясь «правой рукой» бессменного руководителя КОТ А. Т. Соловьёва.
После создания на базе Казанского общества трезвости Казанского отдела «Русского Собрания» Н. Ф. Катанов, будучи убеждённым монархистом, также включился в деятельность этой черносотенной организации. 4 (17) февраля 1909 г. он был избран товарищем председателя Совета КОРС А. Т. Соловьёва.
Являясь противником социалистических теорий и «новых» религиозных доктрин, он неоднократно подвергал критике их пропагандистов и теоретиков, среди которых были, в частности, известный татарский поэт Габдулла Тукай (Абдулла Тукаев), симпатизировавший социалистам-революционерам, и Сардар Ваисов – основоположник «движения ваисовцев» (которое Н. Ф. Катанов классифицировал как «мусульманскую секту») .
Весьма заметным являлся его вклад и в развитие православной миссии в Волжско-Камском крае. Н. Ф. Катанов являлся заведующим редакции «Инородческого Обозрения» (приложения к журналу «Православный Собеседник») - печатного органа миссионерского отделения Казанской духовной академии, выходившего с конца 1912 г. и посвящённого описанию «современного быта» и религии инородцев Европейской и Азиатской России.
После революций 1917 г. Н. Ф. Катанову удалось избежать открытого преследования со стороны новых властей. Он по-прежнему жил и работал в Казани.
Н. Ф. Катанов безвременно скончался, по уточнённым казанским историком-краеведом А. М. Елдашевым сведениям, 9 марта 1922 г. в возрасте 59 лет.
Профессор Казанской Духовной академии И. М. Покровский, близкий друг Н. Ф. Катанова, писал в его некрологе:
Погребён Н. Ф. Катанов был на кладбище, располагавшемся на территории Казанского Кремля Спасо-Преображенского монастыря, которое впоследствии было уничтожено. Как пишет А. М. Елдашев, «по официально утвердившейся версии в начале 1970-х годов его прах был перезахоронен на Арском кладбище», однако «существует и другая точка зрения», что останки Н.Ф.Катанова «потревожены не были, да их в 70-е годы из-за утраты памятника найти уже было невозможно».
28 сентября 1987 г. на базе музея Аскизской средней школы был создан Аскизский общественный краеведческий музей имени Н. Ф. Катанова (ныне – Аскизский районный краеведческий музей имени Н. Ф. Катанова).
10 августа 1994 г. Постановлением Президиума Верховного Совета и Совета Министров Республики Хакасия имя Н. Ф. Катанова было присвоено Хакасскому государственному университету (ХГУ). В том же году Верховным Советом республики была учреждена Государственная премия имени Н. Ф. Катанова, которой награждаются наиболее выдающиеся учёные. С этого же времени в ХГУ имени Н. Ф. Катанова проводятся традиционные «Катановские чтения», на которые представляют свои исследования студенты, аспиранты и преподаватели.
В 1996 г. на территории Хакасии в обращение было введено платёжное средство Совета Министров Республика Хакасия — суррогатные деньги номиналом 5000 российских рублей с изображением Н. Ф. Катанова (так называемые «катановки»).
В 2005 г. в г. Казани Школьный переулок, где жил Н. Ф. Катанов, был официально переименован в Катановский (ранее он уже неофициально носил это название). «Международная независимая ассоциация трезвости» (МНАТ) предложила также установить в г. Казани памятник Н. Ф. Катанову, восстановить дом, в котором он жил, разместив в нём «Музей трезвости».
27 июня 2007 г. в селе Аскиз, на берегу реки одноимённой реки, напротив здания местной администрации, был торжественно открыт памятник Н. Ф. Катанову.
26 октября 2007 г. в Абакане на проспекте В. И. Ленина (в сквере рядом с ХГУ имени Н. Ф. Катанова) был установлен памятник Н. Ф. Катанову работы красноярского скульптора Константина Зинича. Учёный запечатлён в бронзе во весь рост, с книгой в руке. Открытие памятника стало частью последнего юбилейного блока – Дней хакасской письменности и культуры.
Суррогатные деньги номиналом 5000 российских рублей, выпущенные Советом Министров Республики Хакасия в обращение на территории Республики Хакасия в 1996-м году получили в народе название "катановки", т.к. на реверсе банкноты был помещен портрет учёного.