Родился 10 мая 1854 года. Потомственный дворянин, православного вероисповедания, воспитывался в Гродненской классической гимназии и окончил курс в Виленском пехотном юнкерском училище по 1-му разряду.
В компании против турок 1877—1878 гг. состоял прапорщиком 12-го Стрелкового батальона 3-й Стрелковой бригады. Участвовал в боевых действиях под Плевной в октябре-ноябре 1877 года, в боях на Шипке в декабре 1877 года в составе отряда генерал-лейтенанта Скобелева 2-го и занятии передовой линии Урша Шаркиой против Галиполи в январе 1878 года.
17 апреля 1878 года пожалован светло-бронзовой медалью в память Турецкой войны 1877—1878 гг. на ленте, составленной из Андреевской и Георгиевской, для ношения на груди. 1 ноября 1880 года Высочайшим приказом за труды, понесенные в компании 1877—1878 гг., награждён орденом Св. Станислава 3-й степени.
С августа 1878 по август 1881 года служил в Болгарском Войске и жандармерии, участвовал в боях с разбойничьими бандами в Восточной Румынии. В ноябре 1881 года получил Высочайшее разрешение принять железный Румынский крест за бытность в отряде кн. Карла Румынского.
18 марта 1892 года Высочайшим приказом награждён орденом Св. Анны 3-й степени. 25 декабря 1897 года за отличное окончание курса офицерской стрелковой школы Высочайшим приказом награждён орденом Св. Станислава 2-й степени.
В звании подполковника принимал активное участие в Китайском походе 1900 года, являясь командиром 1-го батальона 12-го Восточно-Сибирского стрелкового полка.
29 мая в составе экспедиционного отряда с 12-м Восточно-Сибирского стрелковым полком отправился в Печилийскую провинцию Китайской Империи для охраны Европейских посольств в городе Тяньцзин.
31 мая прибыл на рейд Таку на броненосце «Петропавловск» и, высадившись с полком у станции Тонгку, отправился в город Тяньцзин по железной дороге.
С 1 по 11 июня при действии международных союзных войск против возмутившихся Китайских войск и боксеров находился во все время бомбардировки и осады Европейской части города Тяньцзина с 12-м Восточно-Сибирским полком, временно командуя таковым. В том числе:
12 и 13 июня распоряжением генерал-майора Стесселя назначен Начальником отряда войск из Русских (сводный батальон от 9 и 12-го Восточно-Сибирских стрелковых полков, 880 человек и 2 пулемета), Английских (800 человек пехоты с митральезами), Французских (50 человек), Германских (100 человек), Американских (120 человек) и Японских (50 человек) для ночного движения на выручку отряда английского адмирала Сеймура, окруженного китайцами в арсенале «Сику», что и исполнил с полным успехом, отражая наступления Китайских войск при розыске этого отряда и возвращении с ним в город Тяньцзин.
30 июня командовал обходной колонной из восьми рот 9-го, 10-го и 12-го Восточно-Сибирских стрелковых полков, переправившихся ночью на левый берег Лутайского канала и взявших с боя укрепленную китайскую позицию с шестью орудиями и двумя лагерями у железнодорожного моста.
1 июля командовал отрядом из 4-х рот 10 и 12-го Восточно-Сибирских стрелковых полков, взявших 4 Тяньцзинских инпаней с 50 неприятельскими орудиями и занявшими часть Китайского города с Ямынем и дворцом Вице-Короля и по 23 июля был назначен Комендантом вышеперечисленных объектов.
8 июля 1900 года Государь Император Всемилостивейше соизволил пожаловать Михаила Ивановича Ширинского за отличие в делах против Китайцев орденом Св. Великомученика и Победоносца Георгия 4-й степени за то, что когда пробиваясь 10 июня 1900 г. через Китайские войска из Тяньцзина на соединение с отрядом генерал-майора Стесселя, шедшим на выручку города, и действуя с самоотверждением и распорядительностью, сбил китайцев с крепкой позиции, взял одно совершенно исправное крепостное орудие.
С 23 по 31 июля с 1-м батальоном 12-го Восточно-Сибирского стрелкового полка участвовал в составе Печилийского отряда в движении и взятии укрепленных китайских позиций у города Бейцана, в движении к Яцуну и взятии его укрепленных позиций, в дальнейшем движении к городам Нан-цай-цун, Хе-си-у, Ма-тоу, Чжань-цза-вань, Тунь-чжоу и Пекину.
1 августа 1900 года принимал участие в штурме и занятии города Пекина.
В 3-м периоде компании (от взятия Пекина до вывода русских войск из Печилийской провинции) с 4 августа по 1 ноября 1900 года:
28 октября 1900 года Высочайшим приказом за отличие в делах против Китайцев произведен в полковники и назначен командующим 5-м Восточно-Сибирским стрелковым полком.
15 сентября 1901 года пожалован Высочайше утвержденною 6-го мая 1901 г. Серебряною медалью в память подвигов, оказанных войсками нашими во время походов в пределы Китая 1900—1901 гг. для ношения на груди на ленте, составленной из Владимирской и Андреевской (приказ Главного Начальника и Командующего войсками Квантунской области № 93).
22 сентября 1901 года Всемилостивейше пожалован за 25-летнюю в офицерских чинах беспорочную службу орденом Св. Равноапостольного Князя Владимира 4 степени с бантом.
21 августа 1902 года Высочайше разрешено принять и носить пожалованные Иностранные ордена: офицерский крест Французского ордена почетного легиона и Японский орден Восходящего солнца 4-й степени.
17 мая 1904 года Высочайшим приказом награждён орденом Св. Анны 2-й степени.
22 мая 1905 года Высочайше разрешено принять и носить пожалованные Иностранные ордена: Прусский орден красного Орла 2-го класса с мечами и Итальянский орден Короны.
29 июня 1907 года Высочайшим приказом награждён орденом Св. Владимира 3-й степени.
В сентябре 1903 года, находясь в должности командира 12-го Восточно-Сибирского пехотного полка, расквартированного в Манчжурии, заболел и полгода находился на лечении в европейской части России. 20 февраля 1904 года назначен командиром 1-го Ивангородского крепостного пехотного полка. С этой же должности в возрасте 54 лет 1 июня 1908 года произведен в генерал-майоры и уволен от службы по домашним обстоятельствам согласно его прошению.
12-й Восточно-Сибирский полк был разбит превосходящими силами японцев в первом крупном сухопутном сражении Русско-Японской войны на реке Ялу (Тюренчен).
Всего Михаил Иванович Ширинский находился на военной службе 35 лет 9 месяцев и 26 дней, в том числе в походах и сражениях 10 месяцев и 11 дней. Ранен и контужен не был.