Происходил из Каралезских беев Кызындар Мехмед-аги, в числе первых крымских родов получивших российское дворянство в 1783 году (с присвоением чина Коллежского советника) и давших начало фамилии Балатуковых. Воспитанник греческого кадетского корпуса, откуда был выпущен в 1793 году в чине подпоручика, в 1801 году вышел в отставку в чине майора; в 1803—1806 годах избирался Симферопольским уездным предводителем дворянства. В русской армии числился как Кирилл Матвеевич Балатуков.
В августе 1807 года, в связи с началом войны с Францией, назначен командиром вновь сформированного Симферопольского конного татарского полка, нёсшего службу на прусской границе. С началом Отечественной войны 1812 года принимал участие в боевых действиях в составе корпуса атамана Платова, в том числе в Смоленском, Можайском, Бородинском, Тарутинском сражениях . В корпусе генерала Витгенштейна участвовал в заграничном походе в битвах при Тильзите, Бранденбурге, особенно отличился в составе отряда генерал-лейтенанта Левиза вместе с полком при взятии Данцига, за что 7 декабря 1813 года произведён в генерал-майоры. За боевые заслуги, будучи ещё в звании подполковника, 31 декабря 1812 года награждён орденом Св. Георгия IV степени, орденами св. Анны II степени и св. Владимира III и IV степеней. Позже был также награждён орденом св. Анны I степени.
После роспуска крымскотатарских полков по окончании войны в октябре 1814 года, выступил инициатором создания крымскотатарского гвардейского эскадрона (по образцу Донского и Уральского казачьих), на что получил благоволение императора Александра I, с которым встречался во время посещения монархом Крыма в 1825 году. В следующем, 1826 году был издан указ о сформировании лейб-гвардии крымско-татарского эскадрона, который в апреле 1827 года выступил на службу в Петербург.
Генерал Кая бей Балатуков скончался в октябре 1827 года и был похоронен в родовом имении Каралез.