Келис родилась и выросла в Гарлеме в Нью-Йорке. Её имя Келис — комбинация имён её отца Кеннета — джазового музыканта и проповедника, и матери Эвелисс — китайско-пуэрто-американского дизайнера одежды.
В детстве Келис пела в церковном хоре и играла на скрипке, пианино и саксофоне, училась в частной школе в Манхэттане. Келис покинула дом в возрасте тринадцати лет, но продолжила учёбу в шестнадцать, поступив в музыкальную школу. Здесь она сформировала ритм-энд-блюзовое трио BLU (Black Ladies United). После окончания учёбы она стала участницей группы «The Neptunes» и с их поддержкой заключила котракт на звукозапись.