В 1904 году окончил Военную академию. Служил в различных полках. В 1912 окончил Высшую военную академию. Был направлен военным атташе в Пекин. В 1920-е годы руководил разведывательной службой японской армии в Восточной Сибири и Северном Китае. В 1926—1927 — во втором пехотном полку. В 1927 — в третьем пехотном полку. В 1927—1928 — в 1-й дивизии. Был военным советником маршала Чжан Цзолиня. В 1929—1930 командир 30-го полка.
В 1931 начальник разведывательной службы Квантунской армии, главный организатор так называемого Маньчжурского инцидента (сентябрь 1931), послужившего в качестве предлога для захвата японскими войсками Маньчжурии. Губернатор оккупированного японцами Мукдена. Организовал приезд в Маньчжурию последнего китайского императора Пу И, который стал регентом (1932), а затем императором (1934) Маньчжоу-Го. В 1931—1932 — референт-адъютант генерала Нисио Тосидзо, главного японского военного советника при Пу И.
В 1932—1933 командир 9-й бригады. С апреля 1933 по май 1934 — начальник разведывательной военной миссии в Мукдене. С 1934 — служил в 12-й дивизии. В 1937—1939 — командир 14-й пехотной дивизии в Китае. Участвовал в боях в районе озера Хасан и в районе реки Халхин-Гол.
С августа 1939 по ноябрь 1941 командовал 5-й армией, дислоцированной в Маньчжурии. В 1940 член Высшего военного совета, затем начальник Военной академии. В 1941—1943 генерал-инспектор армейской авиации. В мае 1943 назначен командующим Восточной армией, штаб которой был размещен в районе Токио. 22 марта 1944 под командованием Доихары был сформирован 7-й фронт, которому подчинялись войска 16-й, 25-й и 29-й армий, дислоцированные в Сингапуре, Малайе. Борнео, на Суматре, Яве. С апреля 1945 командующий 12-м фронтом (штаб в Токио). С 21 июля по август 1945 — главный инспектор боевой подготовки. В сентябре, после самоубийства фельдмаршала Сугиямы, возглавил Первое командование, предназначенное для обороны Японских островов.
После капитуляции Японии 21 сентября 1945 года арестован оккупационными властями. Был одним из обвиняемых на Токийском процессе. На суде отказался давать показания. Приговорен к смертной казни. 23 декабря 1948 повешен в тюрьме Сугамо.