В 1990 году Кинер вышла замуж за актёра Дермота Малруни. У них есть сын Клайд Кинер Малруни, родившийся 21 июня 1999 года. Пара разошлась в сентябре 2005 года. В июне 2007 года Малруни подал на развод, сославшись на неустранимые разногласия. Развод состоялся 19 декабря 2007. Кинер является близкой подругой актёров Брэда Питта и Дженнифер Энистон, Питт и Кинер познакомились во время съёмок «Джонни Замша». У Кинер есть дом в Лос-Анджелесе и Северной Каролине.