Хонда начал заниматься футболом в местном ФК «Сэтцу», когда был во втором классе начальной школы. Позднее поступил в юношескую команду «Гамба Осака», где провёл несколько лет, но приглашения в молодежную команду не получил и перешел в обычную старшую школу. Кэйсукэ обратил на себе внимание скаутов многих японских команд, после того, как его школа вышла в полуфинал Кубка по футболу среди старших школ Японии. В 2004 году, будучи школьником и получив специальное разрешение Федерации футбола Японии, присоединился к тренировкам клуба «Нагоя Грампус». В том же сезоне Хонда дебютировал в официальных матчах за Нагоя в Кубке Лиги Японии.
В 2005 году году Хонда подписал с «Нагоя Грампус» полноценный профессиональный контракт, а в следующем году стал твердым игроком основы.
В 2008 году Хонда выразил желание сделать следующий шаг в карьере, а именно продолжить карьеру в Европе. Результатом стал переход в команду-дебютант Высшего дивизиона Нидерландов — «ВВВ-Венло». Хонда сразу закрепился в команде, однако не смог помочь «Венло» избежать вылета в Первый дивизион по итогам сезона 2007/2008.
В сезоне 2008/2009 игрок остался в «Венло» и стал лидером команды, которая с первых туров заняла первую строчку в таблице. Проведя 36 матчей на позиции под нападающими, Хонда забил 16 голов и сделал 13 передач, заслужив титул лучшего игрока Первого дивизиона в сезоне. «Венло» за несколько туров обеспечил себе выход в Высший дивизион, а Хонда обратил на себя внимание голландских грандов, таких как «Аякс» и ПСВ, но высокая трансферная стоимость игрока в 10 миллионов евро, выставленная президентом «Венло», отпугнула потенциальных покупателей и Кэйсукэ остался в команде.
Сезон 2009/10 Хонда начал так же активно, забив 5 мячей в 4 матчах. Начали поступать сообщения об интересе к игроку сильнейших команд Европы, таких как «Челси», «Ливерпуль», «Фиорентина», «Лион».
В декабре 2009 года было объявлено о переходе Хонды в российский ЦСКА за 6 миллионов евро. Японец открыл счёт забитым голом за новый клуб в 1-ом же туре чемпионата России. Благодаря забитому Хондой голу в матче с «Севильей», ЦСКА впервые в своей истории вышел в 1/4 финала Лиги чемпионов (этот гол стал для Кэйсукэ первым в турнире).
По окончании чемпионата мира 2010 итальянский «Милан» предложил за трансфер Хонды 10 млн евро, но ЦСКА отклонил предложение.
Следует отметить, что, показав яркую игру весной в чемпионате России, Лиге чемпионов и на первенстве мира, затем Хонда резко сдал и постепенно перестал попадать в основной состав ЦСКА. По мнению многих болельщиков и футбольных специалистов, это связано с потерей игроком мотивации дальнейшей игры за российский клуб. В сентябре агент Хонды прямо заявил, что его клиент имеет желание перейти в команду одного из ведущих европейских чемпионатов, а в ноябре он же рассказал о возможном уходе Хонды из ЦСКА в период зимнего межсезонья.
Ближе к концу сезона Хонда снова сумел стать одним из лидеров команды и стабильным игроком основы. Он также прервал свое голевое молчание — в 21 туре чемпионата России он забил свой третий гол в чемпионате в ворота «Терека», а в 29 туре, в матче-дерби против московского Спартака — четвертый. Также он забил гол за ЦСКА в матче Лиги Европы против «Палермо».
11 мая в 1/2 финала кубка России, в послематчевых пенальти против «Спартака» реализовал свой удар, тем самым помог ЦСКА выйти в финал. 22 мая 2011 в составе ЦСКА Кэйсукэ Хонда завоевал свой первый трофей в составе московского клуба - Кубок России по футболу 2010/2011, поучаствовав в одной из голевых атак.
25 мая забил первый гол сезона 2011/2012 ударом со штрафного в ворота самарских «Крыльев Советов». В этом же матче забил второй мяч сезона. К разгару сезона набрал очень хорошую форму и стал лидером команды наравне с Сейду Думбья. 1 сентября Хонда получил травму мениска и выбыл из строя на несколько месяцев. В начале ноября японец оправился от травмы. Сыграв один матч против «Рубина», в котором японцу удалось заработать пенальти Хонда вновь получил травму и к тренировкам приступил лишь в феврале.
В матчах против «Зенита» и «Динамо» Кэйсукэ отдал по одной голевой передачи. Оба матча закончились вничью (2:2 и 1:1 соответственно). Однако японец вновь получил травму и выбыл на неопределенный срок.
В 2005 году получил вызов в национальную сборную Японии, однако на поле в составе сборной не появился. В 2007 году в качестве лидера молодежной сборной Японии помог команде добыть путевку в основной турнир пекинской Олимпиады.
В июне 2008 года игрок дебютировал в сборной Японии. В том же году выступил в основном турнире Пекинской олимпиады, где Япония проиграла все три матча в группе, а Хонда сфолил и заработал решающий пенальти в заключительной игре с Нидерландами.
В мае 2009 года в товарищеской игре со сборной Чили он забил первый мяч за сборную.
14 июня 2010 года забил первый гол сборной Японии на чемпионате мира 2010 года, поразив ворота камерунской сборной, принеся своей команде первую победу, одержанную в матче финального турнира Чемпионата мира, проходящего за пределами Японии. А 24 июня в матче против сборной Дании, Кэйсукэ забил второй мяч за сборную на чемпионате мира, забив Томасу Соренсену со штрафного. В матче 1/8 сборная Японии попала на сборную Парагвая. Основное и дополнительное время завершилось со счетом 0-0, Хонда попал в число пенальтистов и реализовал свой удар, однако в 1/4 японцы не пробились.
В Кубке Азии 2011 забил с пенальти победный гол в матче против Сирии. Этот гол стал 1000-м для сборной Японии. В матче 1/2 турнира принял участие в обоих голевых моментах, а в серии пенальти бил первым и реализовал свой удар. В итоге Япония вышла в финал, где обыграла Австралию в дополнительное время и завоевала свой четвёртый титул победителя Кубка Азии, а Хонда был признан лучшим игроком турнира.
Хонда женат. Супруга — Мисако, бывшая работница детского сада.
В таблице под определёнными столбцами учтены следующие турниры: