Майкл Джонс родился в городке Бруксбурн, недалеко от Эдинбурга, Шотландия. Учёбу начал в католической школе в соседнем городе Батгейт, но в возрасте 15 лет прервал образование, не получив аттестата. Образование продолжил в Национальной школе кино и телевидения (англ. National Film and Television School) в Лондоне. Уже в процессе обучения был замечен продюсерами BBC и назначен вторым режиссёром трёхсерийного триллера «Brond».
Режиссёрский дебют Майкла Джонса состоялся в 1989 году. Фильм «Скандал» был основан на реальных событиях и рассказывал о раскрытой сексуальной интриге министра военного ведомства Великобритании Джона Профьюмо. Откровенный фильм был встречен крайне негативно, и Майкл Джонс предпочёл уехать в США. После прибытия в Голливуд следует период исканий. В 1990 году Майкл Джонс снял военную драму «Красотка Мемфиса» (англ. Memphis Belle) об американских лётчиках во Второй мировой войне, а в 1991 году совершенно другой по настроению фильм, лёгкую комедию «Доктор Голливуд». Последующие фильмы Майкла Кейтон-Джонса относятся к самым различным направлениям современного кино: психологическая драма «Жизнь этого парня» (1993), историческая сага «Роб Рой» (1995), жёсткий триллер «Шакал» (1997).
Майкл Кейтон-Джонс не смог стать коммерчески успешным режиссёром. Наиболее ожидаемый и рекламируемый из его фильмов «Основной инстинкт 2» при бюджете в US$ 70 млн собрал в прокате только чуть более половины этой суммы. Более того, этот фильм был представлен в семи номинациях на премию Золотая малина и получил 4 из них (худший фильм, худший сиквел, худший сценарий, худшая актриса Шерон Стоун).
Первой женой Майкла Джонса стала Беверли Кейтон. По совместному решению Майкл и Беверли объединили фамилии и стали именоваться Кейтон-Джонсами. У них родилась дочь — Дейзи. В настоящее время брак расторгнут. От второго (гражданского) брака с Лорой Видерман Майкл Кейтон-Джонс имеет дочь.