В сборной Югославии Кирил Дойчиновский дебютировал 27 октября 1968 года в отборочном матче чемпионата мира 1970 года со сборной Испании, завершившимся со счётом 0:0. В составе сборной Дойчиновский принял участие в чемпионате мира 1974 года. Своё последнее выступление за сборную Дойчиновский провёл в товарищеском матче со сборной ФРГ 13 мая 1970 года, тот матч завершился поражением югославов со счётом 0:1. Всего же за сборную Дойчиновский сыграл 6 официальных матчей. Также Дойчиновский сыграл 3 матча за молодёжную сборную Югославии и 3 матчей за вторую сборную Югославии.
Итого: 6 матчей; 4 ничьих, 2 поражения.