Родился в 1572 году на острове Крит, взят был на воспитание своим дядей, александрийским патриархом Мелетием Пигой. Учился в греческой коллегии в Венеции и в падуанском университете. Был начальником греческого монастыря на острове Крит, потом учителем греческого языка и ректором острожского училища. На Брестском соборе 1596 года, провозгласившем унию с Римом, присутствовал в качестве экзарха александрийского патриарха. В 1597 году Мелетий Пигас, временно управляя константинопольской церковью, объявил русских епископов, принявших унию, низложенными, а до поставления новых епископов назначил Кирилла одним из наместников вселенского престола в Киевской митрополии; но последний должен был оттуда спастись бегством, после чего посетил Виттенберг, Женеву и другие центры Западной Европы. Когда польский король Сигизмунд обратился к Мелетию Пиге за содействием к умиротворению юго-западной Руси, волновавшейся по поводу введения унии, патриарх, в 1600 году, послал в качестве своего уполномоченного Кирилла, который, ничего не успев сделать, скоро вынужден был вернуться в Александрию, где в 1602 году избран был на патриарший престол преемником Мелетия Пиги. В 1621 году Кирилл сделался патриархом константинопольским. Своё управление константинопольской патриархией Кирилл ознаменовал неустанной борьбой с иезуитами, находившими содействие во французском посланнике, тогда как патриарх встречал поддержку в представителях Голландии, Англии и Швеции. Из-за происков своих врагов Кирилл четыре раза был турецким правительством свергаем с престола, но через короткие промежутки времени вновь восстановляем и даже добился формального изгнания иезуитов из пределов Турции.
Кирилл поддерживал, в качестве патриарха, деятельные сношения и с юго-западной Русью. В 1623 году он утвердил луцкое церковное братство и дал его училищу устав, послуживший образцом для других братских школ. Благодаря близким сношениям Кирилла с протестантами, Британский музей владеет александрийским кодексом.
В 1627 году Кирилл основал в Константинополе типографию для печатания духовных книг, в том числе полемических сочинений против латинян. Наконец враги Кирилла обвинили его перед турецким правительством в том, что казаки захватили Азов по внушению патриарха, который ждёт только прибытия этих своих единоверцев к Константинополю, чтобы поднять греков против турок. По повелению султана Мурада IV Кирилл был 28 июня 1638 году удавлен, а тело его брошено в море.
В 1629 году в Женеве появилось на латинском языке, с именем Кирилла, «Восточное исповедание христианской веры» 1631 года, содержащее в себе кальвинское учение; в 1633 году оно вышло и на греческом языке. Константинопольский собор 1638 года предал анафеме как исповедание это, так и Кирилла, но Иерусалимский собор 1672 года, специально занимавшийся делом Кирилла, совершенно оправдал его, засвидетельствовав, что Константинопольский собор проклял Кирилла не потому, что считал его автором исповедания, а за то, что Кирилл не написал опровержения на это приписываемое ему сочинение. Тем не менее западные исследователи продолжают настаивать на кальвинизме Кирилла, ссылаясь не только на это исповедание, но и на обширную переписку его с протестантскими учёными (особенно на письма 1618-20 годов к голландцу Вельгельму). Православный историк, епископ Арсений (Брянцев), оспаривал подлинность этой переписки и, между прочим, указывает на 50 писем Кирилла к царю Михаилу Фёдоровичу и московскому патриарху Филарету, хранящиеся в московском главном архиве министерства иностранных дел и свидетельствующих о приверженности Кирилла к православию, а также на грамоту его 1622 года, в которой он говорит о протестантстве как о богохульном вероучении.