Родился в Минске. В семь лет переехал в Москву. В школе заинтересовался древней историей. Закончил исторический факультет МГУ, где занимался доколумбовыми цивилизациями Латинской Америки и новейшей историей стран Европы и Америки.
В 1993 году уехал в Бельгию, где окончил Колледж Европы в городе Брюгге. Работал за рубежом, в том числе в ОБСЕ. Защитил кандидатскую диссертацию на тему «ОБСЕ на Балканах: опыт политической стабилизации».
Сейчас живет в Москве. Работает главным редактором литературного сериала «Этногенез», пишет авторскую колонку в газете «Взгляд». На телеканале Russia.ru выходит его программа «Чёрное сердце Москвы», посвящённая мистическим местам российской столицы.
В марте 2010 Кириллу Бенедиктову была вручена «Чеховская премия» Союза писателей России. Вручение состоялось в малом зале Центрального дома литераторов.
Бенедиктов опубликовал несколько крупных фантастических произведений — авантюрный роман с элементами мистики «Завещание ночи» (2001; второе, переработанное издание, 2008), фантастические боевики «Война за „Асгард“» (2003) и «Путь шута» (2005), фантастические повести «Штормовое предупреждение» (2006), «Точка Лагранжа» (2008), «Блокада. Охота на Монстра» (2009), «Блокада. Тень Зигфрида» (2010).
Перу писателя принадлежит более двадцати рассказов.
Роман «Завещание ночи» экранизирован в 2008 году (режиссер — С. Жигунов).