Кирстен Данст родилась 30 апреля 1982 года в Пойнт-Плезант, штат Нью-Джерси, в семье с немецкими и шведскими корнями. Клаус Данст, отец Кирстен, был служащим в медицинской компании. Инез Данст, её мать, была художницей, а также основателем и владельцем художественной галереи. В 1986 году родился брат Кристиан. До девяти лет Кирстен вместе со своей семьей жила в Пойнт Плезант. После развода родителей Кирстен с матерью и братом переезжают в Южную Калифорнию.
Дебютом в кинокарьере Кирстен стала роль в небольшом эпизоде картины Вуди Аллена «Нью-йоркские истории» в 1989 году. В следующем году она сыграла небольшую роль дочери героя Тома Хэнкса в фильме «Костёр тщеславия».
Прорывом в её карьере стало участие в фильме «Интервью с вампиром» в 1994 году. На съёмках она работала с такими звездами, как Том Круз, Брэд Питт и Антонио Бандерас. Роль принесла ей награду MTV Movie Awards, номинацию на «Золотой глобус», а также премию «Сатурн» от Академии научной фантастики, фэнтези и фильмов ужасов, как лучшей молодой актрисе. В 1995 году журнал People назвал её одной из 50 самых красивых людей года.
В 1994 Данст снялась в экранизации романа Луизы Олкотт «Маленькие женщины» с Вайноной Райдер и Клэр Дэйнс. Фильм был тепло принят критикой. Критик издания The New York Times Джанет Мэслин в своей рецензии на фильм написала, что это, возможно, лучшая экранизация романа, также она дала положительную оценку игре Данст.
В 1995 году в прокат вышел семейный фильм «Джуманджи» с участием Данст, который собрал в мировом прокате 262 млн долларов. В следующем году актриса снялась в нескольких сериях сериала «Скорая помощь», где сыграла роль малолетней проститутки Чарли, которую взял под опеку доктор Даг Росс (Джордж Клуни). В 1997 Данст озвучила княжну Анастасию Романову в мультфильме «Анастасия». В этом же году Кирстен появилась в небольшой роли в политической сатире «Плутовство», где главные роли сыграли Дастин Хоффман и Роберт Де Ниро.
Кирстен предлагалась роль Анжелы в фильме «Красота по-американски», однако она отвергла её, так как не хотела сниматься в эротических сценах с Кевином Спейси. Позже Данст объяснила свой отказ тем, что прочла сценарий в 15 лет и не была достаточно взрослой, чтобы понять материал. В 1999 году в прокат вышла комедия «Подруги президента», где Данст снялась вместе с Мишель Уильямс. Фильм является пародией на события Уотергейтского скандала.
Также в 1999 году состоялась премьера независимого фильма Софии Копполы «Девственницы-самоубийцы», где Данст сыграла проблемную девушку-подростка Люкс Лисбон. Картина в целом получила положительные отклики.
В 2000 году Данст снялась в роли Торранс Шипман, капитана группы поддержки в комедии «Добейся успеха». Фильм получил негативные отзывы в прессе, однако собрал 90 млн $ в мировом прокате.
В следующем году Данст исполнила главную роль в подростковой комедии «Вирус любви». В том же году актриса появилась в роли звезды немого кино Мэрион Дэвис в детективе Питера Богдановича «Смерть в Голливуде». Дэрек Элли из Variety описал фильм как «весёлый и напряженный», написав также, что эта роль лучшая в карьере Данст: «Являясь одинаково правдоподобной как в образе избалованной инженю, так и в роли любовницы двух разных мужчин, Данст наделяет свою легкомысленную героиню значительной глубиной и симпатией». В рецензии издания Esquire Том Карсон назвал её игру «потрясающей».