Во время Второй мировой войны Морихэй Уэсиба провёл много времени в посёлке Ивама (префектура Ибараки, в настоящее время город Касама), оставляя своего сына главным в Хомбу Додзё, Токио.
В 1947 году Киссёмару стал генеральным директором Хомбу Додзё.
26 апреля 1969 года скончался его отец О-Сэнсэй Морихэй Уэсиба, в возрасте 86 лет, и Киссёмару Уэсиба стал вторым досю — главным учителем, хранителем традиций айкидо (на данный момент, 3-м досю и хранителем традиций является его сын Моритэру Уэсиба).
Значительно укрепились позиции айкидо с созданием Международной Федерации Айкидо (IAF). Киссёмару стал первым президентом этой федерации.
В 1979 году вышла его первая книга, названная просто — «Айкидо».
К 1998 году возраст уже не позволял Киссёмару практиковать айкидо и он назначил своего сына главным (вместо себя).
Киссёмару Уэсиба скончался 4 января 1999 года в 17:30 в возрасте 77 лет. Похоронен он 17 января.