В конце 1980-х Флинт встретил ди-джея Лиэма Хоулетта в рейв-клубе, где положительно оценил музыку Хоулетта. После того, как Флинт попросил у Хоулетта его кассету, Флинт опять встретил Лиэма, но уже с куда большим энтузиазмом: Флинт настойчиво утверждал, что Хоулетт должен играть свои треки уже на сцене, а сам Флинт и его друг Лирой Торнхилл могут быть на подтанцовке. Так, вскоре в 1990 году образовался новый коллектив — «The Prodigy».
С самого начала участия в группе Флинт был просто танцором, но в 1996 году впервые проявил себя как вокалист на сингле «Firestarter». В видео, которое сопровождало сингл, Флинт был представлен в своём новом образе, который стал фирменной маркой «The Prodigy». Тенденция с вокалом продолжилась в новом сингле «Breathe», где он пел уже с Максимом Реалити. В следующей работе «The Prodigy», альбоме «The Fat of the Land», было представлено несколько песен, в которых спел Флинт: «Breathe», «Serial Thrilla», «Firestarter» и «Fuel My Fire» (кавер на L7). Успех альбома, который стал наиболее успешным альбомом коллектива, сделало Флинта фактически лицом «The Prodigy». Следующая работа «Baby's Got a Temper», релиз которой состоялся в 2002-ом году, во многом испытала влияние панк-стиля самого Флинта, хотя позже Хоулетт сам дискредитировал песню, как слишком нехарактерную для группы. В этот период между Флинтом и Хоулеттом возникли некоторые разногласия, чему, возможно, последовало отсутствие вокала Флинта на следующем альбоме «Always Outnumbered, Never Outgunned», хотя Флинт спел в «Hotride (El Batori Mix)» из сингла «Hotride».
На последнем альбоме «The Prodigy», «Invaders Must Die», релиз которого состоялся 23 февраля 2009 года, Флинт вновь участвует в записи нескольких треков из альбома: «Omen», «Colours», «Take Me to the Hospital» и «Run with the Wolves».
Флинт также экспериментировал с несколькими соло- и сайд-проектами, включая такие группы как «FLINT» и «Clever Brains Fryin'». За это время Флинту удалось выпустить только один коммерческий сингл «AIM 4» своей группы «FLINT». Выход дебютного альбома, «Device #1», группы был отменён перед назначенной датой выхода альбома. Хотя стоит отметить, что существуют редкие промо-копии самого альбома, но на них присутствуют не все песни, которые планировалось издать в «Device #1».