Изучал экономику в Майнце, Франкфурте и Мюнстере. В 1968-м защитил докторскую в Мюнстерском университете. После работы правительственным служащим, профессором и советником развития политики он становится в 1985 г. Министром Защиты Окружающей Среды и Здоровья в региональном правительстве земли Рейнланд-Пфальц. В 1987-м занимает должность Министра по охране окружающей среды, охраны природы и ядерной безопасности в правительстве Гельмута Коля. И находится на ней вплоть до 1994 года, когда его меняет Ангела Меркель. С 1994 по 1998 Тёпфер работает Федеральным министром Регионального Планирования, Строительства и Городского Развития. Кроме этого, он был членом Бундестага с 1990 по 1998, и входил в состав руководящего комитета Христианско-Демократического Союза с 1992 по 1998.
В 1998 году Генеральным Секретарём Организации Объединённых Наций Тёпфер был назначен Генеральным Директором офиса ООН в Найроби. А также исполнительным директором Программы ООН по окружающей среде (ЮНЕП). В должности директора ЮНЕП он сыграл ключевую роль измерении ущерба и ликвидации последствий разрушительного азиатского цунами 2004 года.
В феврале 2009 года Тёпфер возглавил институт углубленного изучения климата, системы Земли и науки устойчивости, который занимается спектром исследований от проблем климата до стабилизации экономики. Институт расположен в Потсдаме и финансируется федеральным министерством образования и исследований.