Ипполито Альдобрандини родился 24 февраля 1536 года в Фано, около Флоренции. Получил юридическое образование. В 1585 году был назначен кардиналом и выполнял функции папского легата в Польше, где поддерживал кандидатуру Габсбургов после смерти Стефана Батория. Он сурово осуждал практику непотизма, но, став папой, назначил кардиналами четырех своих родственников. Одним из них был Пьетро Альдобрандини, который получил пурпур в 22 года и замещал папу во всех важнейших делах. Папа и его непот осуществляли соуправление как в политических, так и в религиозных делах.
Связи с Испанией несколько ослабли, и апостольская столица снова сблизилась с Францией. Шаги, предпринятые папой, позволили расширить территорию папского государства. В религиозной области господствовала инквизиция, гася любое проявление прогрессивной мысли и развитие свободной, не подчиненной теологии науки. В 1600 году был сожжен на костре выдающийся итальянский философ Джордано Бруно (род. в 1548).
В 1596 году была заключена Брестская уния, которая привела к появлению на востоке Речи Посполитой католиков восточного обряда. Брестская уния лишь отчасти оправдала надежды, которые возлагал на нее папа, поскольку не привела к обращению в католичество всей Руси.
В доктринальной области папа безуспешно пытался разрешить спор между теологами-иезуитами и доминиканцами, дискутировавшими о границах влияния милости божьей на волю человека грешного и спасённого. После длительных прений и столкновения разных точек зрения папа, познания которого в теологии были весьма ограниченными, решил не оглашать окончательного решения. Вопрос остался открытым. В 1600 году Климент VIII с огромной помпой открыл Юбилейный год, на который прибыло почти 3 миллиона паломников. Тогдашние хронисты отметили «пышность».
Папа Климент VIII фигурирует в рок-опере Avantasia. Его роль исполнил Оливер Хартман из группы At Vance.
Климент VIII появляется также в драме Перси Биши Шелли «Ченчи», где предстает в роли жестокого и продажного тирана.