Родился в аристократической семье, сын графа Ивана Шептицкого и его супруги Софии. Брат митрополита Андрея Шептицкого. Окончил гимназию святой Анны в Кракове, учился в университетах Кракова, Мюнхена и Парижа, в 1892 получил степень доктора права в Ягеллонском университете (Краков). Одновременно окончил Институт лесничества.
Работал адвокатом, помогал отцу управлять семейными имениями, являлся членом галицкого сейма. В 1900—1907 был депутатом австрийского парламента, соавтор «Общего австрийского закона о лесах». Автор работ по вопросам сельского хозяйства, председатель Галицкого лесничего общества. Как общественный деятель Галиции сыграл значительную роль в том, что его брат Андрей стал грекокатолическим митрополитом. В 1907 отошёл от политической деятельности, занялся хозяйственной работой в имении, где построил церковь для грекокатоликов.
В 1911 поступил в бенедиктинский монастырь в Байроне, в 1912 перешёл в грекокатолический монастырь Студийского устава в Каменице в Боснии, где принёс монашеские обеты и получил имя Климентий. В 1915 стал иеромонахом. Получил богословское образование в университете Инсбрука.
В его монастырской келье были лишь железная кровать, шкаф с книгами, столик и клячник, на котором молился перед Распятием. По воспоминаниям современников,
Являлся настоятелем Студийского монастыря, находившегося в Униве, с 1926 — игумен Свято-Успенской Уневской лавры. Сыграл значительную роль в истории грекокатолического монашества в XX веке. В 1936—1937, совместно с митрополитом Андреем Шептицким, составил устав для монахов Студийского устава, известный под названием «Типикон». Участвовал в основании женского студитского монастыря в Якторове, монастыря в Канаде. Был членом Богословского научного общества, читал лекции в университете Инсбрука. С 1937 жил в Львове, помогал своему брату в управлении церковью. С 1939 — руководитель Украинского католического института Церковного объединения имени митрополита Рутского.
В 1939 был назначен грекокатолическим экзархом в России и Сибири. Во время Второй мировой войны участвовал в спасении евреев на Украине — их прятали в монастырях, а затем переправляли в венгерскую Украину.
Осенью 1944, после освобождения Украины советскими войсками, новый грекокатолический митрополит Иосиф Слипый возвёл Климентия Шептицкого в сан архимандрита монахов Студийского устава и назначил руководителем делегации на переговорах с органами советской власти, которая была принята в Москве председателем Совета по делам религиозных культов при Совнаркоме Иваном Полянским.
Однако руководство СССР взяло курс на ликвидацию унии и присоединение грекокатоликов к Русской православной церкви. В 1945 все униатские епископы был арестованы (никто из них не согласился перейти в православие), и церковь фактически возглавил престарелый архимандрит Климентий, который призывал священников не соглашаться на переход в юрисдикцию Русской православной церкви. Летом 1945 собрал 61 подпись грекокатолических священников под просьбой освободить арестованных епископов и прекратить преследование грекокатоликов.
Власти запретили ему жить во Львове; последний период жизни на свободе он провёл в Униве. Направил в Ватикан письмо с описанием преследований, которым подвергались грекокатолики. Это письмо было перехвачено органами НКВД, что и стало поводом для его ареста.
5 июня 1947 архимандрит Климентий был арестован в своей келье во время вечерней молитвы. С 27 июня 1947 содержался в Киевской внутренней тюрьме МВД. В его биографии сказано, что
После года следствия архимандрит Климентий был приговорён к восьми годам лишения свободы и отправлен во Владимирскую тюрьму, где 1 мая 1951 скончался в тюремной больнице. На городском кладбище Владимира есть его мемориальная могила.
27 июня 2001 Папа Римский Иоанн Павел II во Львове причислил его к лику блаженных. В 1996 он получил звание «Праведник народов мира» за спасение евреев в период Холокоста. В 2005 в селе Унев Перемишлянского района Львовской области была открыта мемориальная доска в честь митрополита Андрея и блаженного архимандрита Климентия Шептицких за спасение еврейских, украинских и польских детей в годы Второй мировой войны.