В 1986 году закончил школу № 875 в г. Москве.
С 1986 по 1994 год обучался в Московском автомобильно-дорожном институте по специальности Инженер по техническому обслуживанию и ремонту автомобилей.
С 1988 по 1990 год служил в Советской Армии.
В 1993 году основал «с нуля» компанию «Авторемонтные системы», специализирующуюся на компьютерном подборе автомобильной краски. К настоящему времени компания «Авторемонтные системы» выросла до одного из лидеров рынка с оборотом более миллиарда рублей.
В 2003 году получил степень МВА Kingston University (Великобритания).
В 2008 году стал лауреатом проекта «Кадровый резерв — Профессиональная команда страны», и был включен в резерв управленческих кадров проекта от Москвы.
Кандидат в мастера спорта по шоссейно-кольцевым мотогонкам, занял 1-ое место на Кубке России «Эндуранс» в 2008 году.
С 2009 года по настоящее время проходит обучение в Лондоне в Институте директоров (IOD) по программе Chartered Director.
Начиная с 2009 года является преподавателем курса предпринимательство на совместной программе МВА Kingston University и Академии народного хозяйства при Правительстве РФ в Академии народного хозяйства при Правительстве РФ.
Состоит в Ассоциации независимых директоров (АНД) и Национальном содружестве бизнес-ангелов (СБАР).
С мая 2010 года является руководителем бизнес-инкубатора АНХ InCube — Академии народного хозяйства при Правительстве РФ.
25 ноября, 2010 года Алексей Комиссаров стал победителем НАЦИОНАЛЬНОГО ЭТАПА международного конкурса «Предприниматель года 2010» (Entrepreneur Of The Year Award), в номинации «Промышленное производство». Конкурс проводится ежегодно компанией «Эрнст энд Янг»..
7 февраля 2011 года назначен на должность руководителя Департамента поддержки и развития малого и среднего предпринимательства города Москвы
Женат. Три дочери.