Родился в Бруклине. Окончил университет штата Колумбия со степенью бакалавра. В 1938 получил магистерскую степень, в 1941 — докторскую. Во время Второй мировой войны служил на флоте в звании лейтенанта. После войны переехал в Сент-Луис, где в течение 34 лет преподавал физиологию растений в университете.
В конце пятидесятых приобрёл известность как противник ядерных испытаний. Написал несколько книг об опасности подобных испытаний для экосистемы Земли.
После неудачной попытки баллотироваться в президенты США, Коммонер переехал в Нью-Йорк, где вступил на должность руководителя Центра Биологии и Природных Систем (Center for the Biology of Natural Systems) при Квинз Колидж (Queens college).
Наследие Коммонера включает четыре закона экологии, сформулированных в виде афоризмов: