В возрасте 20 лет он переехал в Токио, принял православие и поступил в семинарию при Российской духовной академии в Токио, стажировался в России, где окончил в 26 лет учёбу в Киевской семинарии по теологии и поступил вольнослушателем в Московский университет по психологии. Познакомился со Львом Толстым.
После возвращения из России переписывался со Львом Толстым. Автор первого опубликованного перевода Дао Дэ Цзин на русский язык. Книга под редакцией Льва Толстого была издана в 1894 году.
На вторую встречу с Толстым в 1909 году приехал с японским соляным магнатом Нодзаки Букитиро, а в 1910 был единственным японцем на похоронах писателя.
В 1910 году Кониси опубликовал свой перевод «Евангелия» Льва Толстого на японский язык.
Также Кониси переводил на японский другие произведения Л. Толстого, преимущественно небольшие. Опубликовал несколько книг о Толстом, из которых выделяют «Беседы с Толстым».
Был профессором русской литературы в Университете Киото.