Известен как автор метода Бутейко, применяемый для лечения бронхиальной астмы и других дыхательных расстройств.
Основная теоретическая концепция Бутейко состоит в том, что главной причиной так называемых болезней цивилизации является дефицит углекислого газа (СО2) в лёгочных альвеолах, вызываемый хронической гипервентиляцией (глубоким дыханием).
Бутейко предложил нормализовать основную функцию организма — систему внешнего дыхания — посредством разработанного им метода волевой ликвидации глубокого дыхания.