Сын Д. Н. Набокова, брат В. Д. Набокова, дядя известного писателя В. В. Набокова.
Окончил юридический факультет Петербургского университета. Службу начал в 1894 году в министерстве юстиции. В сентябре 1896 года переведён в Министерство иностранных дел России. Секретарь канцелярии МИД.
В 1905 — член русской делегации на мирной конференции в Портсмуте.
С 1906 года — первый секретарь миссии России в Бельгии. С 1910 года — первый секретарь посольства в Вашингтоне. В 1912—1915 годах — генеральный консул России в Калькутте. В 1916 г. направлен советником посольства в Великобритании.
С мая 1917 г. временно управлял посольством, оставаясь в должности советника с присвоением ему лично звания чрезвычайного посланника. После Октябрьской революции уволен в отставку.