Сын Ф. Д. Калайдовича, брат Ивана и Петра Калайдовичей; самый известный член этой семьи. Учился в Киевской академии и на словесном факультете Московского университета (1807—1810). Еще студентом занимался естественными науками и в 1810 принят в общество испытателей природы, а потом занялся литературою и древностями и с 1811 участвовал в московских обществах любителей словесности и истории и древностей. Начал печататься в «Вестнике Европы», преимущественно статьи археологического содержания. В 1812 служил в ополчении, а по окончании войны в ведомстве Московского университета. 28 апреля 1818 перешел в Московский архив иностранных дел. В 1815 он был (по случаю, не разъясненному его биографами) посажен в дом сумасшедших, потом жил в Николо-Пешношской обители, которую описал; в 1816 жил в Калуге.
Еще в 1814 начались его сношения с канцлером графом Румянцевым, который поручил ему для издания II—IV томы предпринятого им «Собрания государственных грамот» и печатал на свой счет его труды. После издания «Иоанна экзарха» Калайдович занимался описанием Синодальной библиотеки. В 1825 сошел с ума. Предпринятый им в 1828 журнал «Русский зритель» окончен его знакомыми. Его статьи, кроме «Вестника Европы», находятся в «Северном архиве» (1823), в «Сыне отечества» и в Трудах обществ: истории древностей и любителей словесности.