Канарис родился на островке Псара, расположенном недалеко от острова Хиос в Эгейском море. В молодости Канарис был капитаном небольшого торгового судна.
22 апреля 1822 года, во время войны за независимость Греции от Османской империи, турки вырезали практически всё население острова Хиос. В отместку за резню Канарис уничтожил флагманский корабль турецкого адмирала Кара-Али Паши в Хиосском проливе.
В ночь 18 июня 1822 года два небольших брига под командованием Канариса подошли к флагману турецкого флота, на котором в этот момент шло празднование. Канарис поджёг свои корабли, начинённые порохом, и со своими людьми отплыл на лодках. В результате турецкий флагман был взорван, погибло около 2 тысяч человек его команды, включая матросов, офицеров и самого адмирала Пашу.
9 ноября 1822 года он таким же способом сжёг другой турецкий адмиральский корабль возле острова Тенедос.
17 августа 1824 года в сражении возле Самоса ему удалось сжечь большой турецкий фрегат и несколько транспортных судов, и тем самым спасти остров.
Служа в это время под начальством Миаулиса капитаном в греческом флоте, Канарис сумел внушить к себе глубочайшую преданность матросов. Смелая попытка сжечь в 1825 году египетский флот не удалась ему из-за неблагоприятной погоды.
Когда в 1826 году был создан постоянный греческий военно-морской флот, Канарис командовал фрегатом «Эллада». После войны он продолжил служить на греческом флоте и дослужился до звания адмирала.
1827 году Канарис был избран депутатом, поддерживал правительство Каподистрии. Отсутствие образования и административных способностей не помешали ему достигнуть на политическом поприще той же славы, что и на военном. В 1848 году он был министром-президентом в коалиционном кабинете, в котором сам же был морским министром; в конце 1849 года кабинет Канариса был низвергнут.
Затем Канарис ещё несколько раз был морским министром в разных кабинетах. В январе 1862 года ему поручено составить кабинет, но король Оттон не согласился на его программу либеральных реформ. Канарис примкнул к революционному движению, разразившемуся в том же году в Греции, и в октябре занял вместе с Булгарисом и Руфо место во временном правительстве.
В 1864—1865 годах он дважды стоял во главе кабинета министров и вновь занял этот пост в 1877 году, во время русско-турецкой войны.