Родилась в Павлодаре. Окончила естественный разряд физико-математического факультета Крымского университета в Симферополе (1926). В 1932—1961 сотрудник Палеонтологического института АН. Научные интересы — брахиоподы карбона и современные, амфибии и рептилии позднего палеозоя, мезозоя и современные. Вначале занималась изучением современных брахиопод, позднее (вероятно под влиянием мужа) переключилась на изучение древнейших позвоночных, преимущественно лабиринтодонтов. Её основные работы по этой тематике опубликованы в 50-х годах. В 1935 присвоена степень кандидата биологических наук без защиты. Имеет более 20 публикаций, в том числе монография «Основы палеонтологии. Земноводные, пресмыкающиеся и птицы» (в соавт., 1964, М.: Наука).
В 1936 году вышла замуж за советского писателя и палеонтолога Ивана Ефремова. От их брака есть сын Аллан Иванович Ефремов.
В честь Елены Дометьевны Конжуковой назван описанный ей род конжуковия (Konzhukovia) подсемейства трифозухины (Tryphosuchinae) семейства мелозавры (Melosauridae) (новое название рода введено Ю. М. Губиным в 1991 году).