В высшей португальской лиге Коштинья дебютировал в 26 лет, перейдя в «Порто» в сезоне 2001/02 и став затем важной фигурой в полузащите команды, выиграв с клубом два чемпионских титула подряд. Возможно, самым выдающимся моментом в карьере Коштиньи был забитый 9 марта 2004 года гол в ворота «Манчестер Юнайтед» в матче Лиги Чемпионов, который вывел «Порто» дальше и позволил затем выиграть турнир, победив в финале «Монако» 3:0.
В мае 2005 года Коштинья подписал контракт с московским «Динамо»,
Сезон 2006/2007 Коштинья провёл в составе мадридского «Атлетико».
В августе 2007 года он перешёл в итальянскую «Аталанту», где не смог заиграть из-за травм и плохой игровой формы. 23 февраля 2010 года 35-летний Коштинья по обоюдному согласию расторг контракт с «Аталантой», объявив о завершении карьеры.
По окончании игровой карьеры работал в лиссабонском «Спортинге» в должности спортивного директора, где он сменил своего бывшего товарища по сборной Португалии Рикарду Са Пинту. 9 февраля 2011 года уволен с поста спортивного директора «Спортинга» за критику руководста клуба в телеинтервью.